В 1942 году П. И. Ивашутин назначается начальником Особого отдела НКВД Юго-Западного фронта (ЮЗФ) второго формирования (25.10.1942 — 20.10.1943), который участвовал в операциях «Уран» — контрнаступление под Сталинградом, Среднедонской, Острогожско-Россошанской, третьей битве за Харьков, Изюм-Барвенковской наступательной операции, Донбасской стратегической операции, Запорожской. Военный контрразведчик пользовался уважением у командующих фронтом генералов армии Н. Ф. Ватутина и Р. Я. Малиновского.
20 октября 1943 года ЮЗФ на основании приказа Ставки ВГК от 16 октября того же года был переименован в 3-й Украинский фронт (УФ), который участвовал в битве за Днепр, освобождении Днепропетровска и Днепродзержинска, в осуществлении Никопольско-Криворожской, Одесской, Ясско-Кишиневской, Белградской, Будапештской и Балатонской операций и освобождении Румынии и части Австрии со столицей Веной. С 15 мая 1944 по 15 июня 1945 года 3-м Украинским фронтом командовал Маршал Советского Союза Ф. И. Толбухин.
После Ясско-Кишиневской операции встал вопрос о разгроме одного из сателлитов Германии — Румынии. УКР фронта во главе с П. И. Ивашутиным и вместе с военными разведчиками разработали операцию по выведению Румынии из войны мирным путем. Интенсивно шли переговоры с румынским королем Михаем Первым.
В это время в штаб фронта прибыл Г. К. Жуков, который приказал Ф. И. Толбухину срочно подготовить и провести операцию по разгрому румынской армии. В кабинете присутствовал Ивашутин. Он корректно стал объяснять представителю Ставки, что готовится срочная операция по выведению Румынии из войны.
— Какая еще срочная операция?! Я приказываю штурмовать позиции врага, — напрягся Жуков. Исполнительный Толбухин понимающе молчал.
— Товарищ маршал, — проговорил генерал-майор Ивашутин, — война заканчивается. В случае наступления мы положим тысячи наших солдат, так нужных стране после войны, когда все можно сделать мирно.
— Товарищ Толбухин, вы получили приказ?
— Да, Георгий Константинович…
— Тогда выполняйте!
— Есть!
Жуков прекратил разговор, хлопнув дверью, и умчался в машине на полевой аэродром.
— Федор Иванович, я понимаю принцип единоначалия и сущность военных приказов, тем более продолжается война, но то, что произошло сейчас, заставляет меня действовать. Я вынужден о приказе Жукова доложить своему руководству.
— Ваше право.
Начальник УКР Смерш фронта генерал-майор П. И. Ивашутин срочной телеграммой проинформировал об инциденте руководителя ГУКР Смерш НКО СССР генерал-лейтенанта В. С. Абакумова.
Через несколько часов пришел ответ из Ставки ВГК об отмене приказа Г. К. Жукова о наступлении. А вот операция чекистов прошла успешно — сатрап Гитлера Антонеску был арестован. Румыния повернула оружие против гитлеровской Германии. За активное участие румынского монарха и удачно проведенную операцию по выводу Румынии из войны 6 мая 1945 года король Михай был награжден советским орденом «Победа».
После окончания войны генерал-лейтенант П. И. Ивашутин возглавлял УКР Смерш Южной группы войск в Австрии, а потом Управление МГБ СССР по Группе советских войск в Германии. О скромности этого человека говорит такой факт.