Экстренное совещание на Лубянке завершилось принятием важного решения — главной службой, отвечающей за добывание атомных секретов, была определена внешняя разведка НКВД. Группа «С» во главе с П. Судо-платовым стала координирующим органом, ответственным за объединение усилий советских ученых и советских разведчиков. Это решение было правильным и своевременным, но несколько запоздавшим. Американцы и англичане объединили усилия своих разведчиков и ученых в области создания атомной бомбы раньше.

К началу 1944 года, после потерь, понесенных на первом этапе войны, советская военная разведка в значительной степени восстановила свои силы. В апреле 1943 года была проведена четвертая за годы Великой Отечественной войны реорганизация центрального аппарата ГРУ. Наркому Обороны подчинялось Главное разведывательное управление, которое ведало зарубежной разведкой. Оперативной и тактической разведкой руководило Разведывательное управление Генерального штаба. Меры, которые принимались руководством страны по усилению военной разведки, позволили активизировать ее деятельность и повысить результативность работы центрального аппарата, зарубежных структур и фронтовых подразделений. Все три составные части военной разведки — зарубежная, оперативная и тактическая — в 1944 году были нацелены на добывание сведений о противнике, необходимых политическому руководству страны и военному командованию для планирования и реализации стратегических решений, направленных на ускорение разгрома фашистской Германии.

В 1944 году советская военная разведка представляла активную, хорошо управляемую структуру, в которой работали профессионалы, накопившие значительный опыт специальной работы в условиях войны.

Зарубежные резидентуры ГРУ действовали на территориях 12 государств: Англии, Болгарии, Турции, Югославии, Швеции, Японии и других стран. Добыванием сведений о противнике занимались офицеры аппаратов военных атташе, разведчики-нелегалы и разведчики, работавшие в советских представительствах за рубежом.

Война также мобилизовала для сбора сведений о противнике офицеров некоторых советских военных миссий, создававшихся в 1941 — 1944 годах на основе двусторонних договоров, подписанных представителями правительств СССР, Великобритании, США и некоторых других стран. Военные миссии этих государств работали в Москве. Советские военные миссии в 1944 году действовали в Лондоне, Париже, при Верховном штабе Народно-освободительной армии Югославии, а также при штабе командующего средиземноморскими экспедиционными войсками союзников. В 1945 году, на завершающем этапе войны, при командующем американским флотом на Тихом океане находилась советская военная группа связи.

Руководители советских военных миссий подчинялись Ставке Верховного Главнокомандования. Управление их деятельностью осуществлялось через Генеральный штаб. Офицеры миссий в первую очередь решали военные и военно-политические задачи стратегического характера, а также вопросы сотрудничества СССР и союзников в военно-экономической области. Помимо военно-дипломатических обязанностей сотрудники советских военных миссий, и это было совершенно оправдано условиями войны, занимались сбором разведывательных сведений о фашистской Германии. Эта деятельность координировалась начальником Главного разведывательного управления генерал-лейтенантом И. Ильичевым, который лично руководил информационной работой миссий, определял разведывательно-информационные задачи, давал оценки добытым сведениям.