Следующая операция, проводимая при участии зондеркоммандо и начинавшаяся 17 апреля 1943 года, несла магическое название «Волшебная флейта» — кому-то в штабе СС, видимо, вспомнилась старинная немецкая сказка о маленьком крысолове из городка Хамельн, который выманивал своей дудочкой крыс из подвалов и нор: на этот раз целью была локализация и поимка антинемецких элементов на территории Минска, а также, по ходу проведения акции, и очередной набор людей для принудительных работ на территории. Хотя в аллегорической подобности немцам в этот раз отказать нельзя — 130-тысячная столица Белоруссии с огромным количеством зданий, руин, подвалов и промышленных предприятий, не говоря уже о большом еврейском гетто, буквально кишела различного рода шпионами, подпольщиками, саботажниками, дезертирами и просто криминальными элементами. Для проведения операции «Волшебная флейта» под общим командованием СД были привлечены следующие части: 141-я резервная дивизия вермахта, все части СД и охранной полиции, находившиеся на территории города, 2-й полк полиции СС, 13-й полк полиции СС, 1-й батальон 23-го полка полиции СС и зондеркоммандо «Дирлевангер».

В задачу частей вермахта входило полное окружение города к утру 17 апреля. Затем весь город был разделён на шесть закрытых зон, каждая из которых должна была быть зачищена в течение одного дня.

2-й полк полиции численностью 558 чел. получил как зону своей ответственности сектор № 1 в периметре около 6,7 км и приказ провести зачистку своего сектора в течение первого дня операции. После окружения обозначенной части города СС установили два КПП для передвижения людей. Находящиеся на посту солдаты получили приказ немедленно открывать огонь на поражение по каждому, кто попытается проникнуть с окружённой территории вне организованного КПП. Потом сектор был досконально прочёсан.

То же самое 18 апреля провёл 13-й полицейский полк СС в секторе № 2, по периметру 4,5 км были на каждых 50 метрах расставлены всего 470 военнослужащих. Секцию 5 зачистил снова 13-й полк полиции 19-го числа, затем снова 2-й 21 — го прочесал секцию 3. Наконец, 22 апреля совместными усилиями 2-го полицейского полка, частей вермахта и СС общей численностью личного состава более 1100 чел. была проведена зачистка самой обширной, 6-й секции города. Также в процессе проведения всей операции около 600 чел. из состава сил СД проводили активную розыскную работу по всей территории столицы. Всё это время зондеркоммандо несло службу в оцеплении минского гетто и сопровождало людей СД при действиях на его территории.

При проведении зачисток в Минске всем членам командного состава участвующих подразделений, и особенно Дирлевангеру, было приказано пресекать грабежи и мародёрство под страхом жесточайших наказаний. По мнению командования СС, в Белоруссии это было несовместимо со статусом немецкого военнослужащего. Запрет проводить расстрелы без суда и следствия никто военнослужащим не давал.

30 апреля 1943 года СС-штурмбаннфюрер Оскар Дирлевангер подготовил для высшего командования отчёт о деятельности своей части, расквартированной в тот момент в Логойске, за последний календарный месяц. Отчёт содержал и боевое расписание личного состава к началу мая, в нем он снова сделал акцент на отсутствие в зондеркоммандо собственного врача. Общее количество людей в части 569 человек — 7 офицеров, 71 чел. сержантского состава и 481 чел. рядового состава, из которых 1 офицер, 44 унтер-офицера и 322 рядовых не являлись немцами. Командир части СС-штурмбаннфюрер Оскар Дирлевангер, СС-штурмбаннфюрер Карл Префке