В дальнейшем конструкция командирских танков изменилась. Их стали переоборудовать из линейных Pz.III Ausf.J с сохранением основного вооружения — 50-мм пушки KwK 38. Демонтировался только курсовой пулемёт, а боекомплект пушки сокращался до 75 выстрелов. В результате высвобождалось место для размещения трёх радиостанций: FuG 5, FuG 7 и FuG 8. В дополнение к штатным приборам наблюдения на машине устанавливался перископический прибор TSF 1. Эти танки выпускались двумя сериями с августа по ноябрь 1942 года (81 единица) и с мая по сентябрь 1943-го (104 единицы). Поступали они в основном во вновь формируемые танковые части войск СС.
Последнюю серию командирских танков из 50 машин изготовили на базе Pz.III Ausf.M с декабря 1942 по февраль 1943 года. Они вооружались 50-мм пушкой KwK 39 с боекомплектом 65 выстрелов, установленной в уменьшенной маске, а в остальном представляли собой полное подобие машинам Pz.Bf.Wg.III Ausf.J.
Tauchpanzer III. Характерные фланцы вокруг маски пушки и пулемёта предназначались для крепления резиновых кожухов.
В октябре 1942 года Служба вооружений приняла решение о выпуске партии огнемётных танков на базе Pz.III. В соответствии с этим решением фирма MIAG передала 100 машин модификации M без вооружения фирме Wegmann AG для переделки их в огнемётные. Эта фирма имела уже достаточный опыт подобных работ, накопленный при переоборудовании танков Pz.II и трофейных французских танков B1bis в огнемётные. Вместо пушки в башне Pz.III устанавливалась стальная труба длиной 1,5 м, являвшаяся защитным кожухом для 14-мм ствола огнемёта. Рабочее давление в стволе, достигавшее 15 МПа, создавалось с помощью вспомогательного двухтактного двигателя DKW мощностью 3 л.с. Перед стрельбой оба бака с огнесмесью ёмкостью по 100 л каждый в течение пяти минут нагревались горячей водой, поступавшей из системы охлаждения двигателя танка. Расход огнесмеси — 8 л/мин — позволял производить 125 односекундных выстрелов. Дальность стрельбы достигала 55 м. Углы наведения огнемёта по вертикали колебались в пределах от -8° до +20°, по горизонтали — 360°. Вспомогательное вооружение — два пулемёта MG 34 — находилось на своих штатных местах; в их боекомплект входило 3750 патронов. Экипаж танка Pz.III (Fl) состоял из трёх человек — командира (он же стрелок-огнемётчик), стрелка-радиста и механика-водителя. Масса танка равнялась 23 т. Заказ на изготовление огнемётных машин был выполнен к апрелю 1943 года, и большинство из них отправили на Восточный фронт.
В период с февраля 1943 по апрель 1944 года 262 танка Pz.III модификаций Е — G были переоборудованы в машины передовых артиллерийских наблюдателей — Panzerbeobachtungswagen III (Sd.Kfz.143), предназначенных для частей самоходной артиллерии. Танки получили 30-мм дополнительный броневой лист в лобовой части корпуса, при этом амбразура пулемёта заделывалась. В новой маск-установке на месте пушки был смонтирован пулемёт MG 34. Правее него к бронировке маски приваривалась стальная труба — имитация орудия. Машина оснащалась радиостанциями FuG 8 и FuG 4. В башне имелся прибор наблюдения TBF 2.