Военная контрразведка (УОО) так же, как это было в 1941 году, постановлением СНК СССР № 415-138сс от 19 апреля 1943 г. была передана в Наркомат обороны и Наркомат военно-морского флота СССР. Были созданы Главное управление контрразведки (ГУКР) "Смерш" НКО СССР и Управление контрразведки (УКР) "Смерш" НК ВМФ.
Структура НКГБ СССР была определена решением Политбюро П 40/91 от 14 апреля 1943 г. "Об образовании НКГБ СССР" и объявлена постановлением СНК СССР № 393-129сс от 14 апреля 1943 г. Несколько позже постановлением СНК СССР № 621–191 сс от 2 июня 1943 г. было утверждено "Положение о Народном комиссариате государственной безопасности СССР". В соответствии с постановлением СНК СССР № 393-129сс от 14 апреля 1943 г. первым заместителем наркома госбезопасности был назначен Б.З.Кобулов, а постановлением СНК СССР № 511 от 11 мая 1943 г. заместителем наркома госбезопасности СССР по кадрам был назначен М.Г.Свинелупов.
В течение мая 1943 г. приказами НКГБ СССР были утверждены штаты основных структурных подразделений центрального аппарата НКГБ СССР:
— 1 управление (разведка);
— 2 управление (контрразведка) (создано на базе 2 и 3 управлений, ЭКУ и 3 с/о НКВД СССР);
— 3 управление (транспортное);
— 4 управление (организация террора и диверсий на занятых немцами территориях);
— 5 управление (шифровально-дешифровальное и спецсвязь);
— 6 управление (охрана руководителей партии и правительства) (создано на базе 1 отдела НКВД СССР);
— отдел "А" (учетно-архивный) (создан из переданных в НКГБ СССР части отделений и личного состава 1 с/о НКВД СССР);
— отдел "Б" (оперативно-технический);
— отдел "В" (военная цензура и перлюстрация корреспонденции);
— следственная часть по особо важным делам;
— секретариат НКГБ СССР;
— отдел кадров НКГБ СССР;
— административно-хозяйственное финансовое управление (АХФУ).
Таким образом созданный в 1943 году НКГБ СССР включал в себя семь управлений (вместе с АХФУ), четыре самостоятельных отдела "А", "Б", "В" и ОК, следственную часть и секретариат.
До 1946 года эта структура претерпела небольшие изменения.
15 ноября 1945 г. "для оперативно-чекистского обслуживания" объектов спецназначения (занятых созданием атомной бомбы) был организован в составе НКГБ СССР отдел "К".
Совместным приказом НКГБ и НКВД СССР № 0014/0032 от 10 января 1946 года отдел "С" (разведка и обработка материалов по атомной проблеме) был передан из НКВД СССР в НКГБ СССР.
Приказом НКГБ СССР № 00107 от 22 марта 1946 г. в соответствии с постановлением Верховного Совета СССР от 15 марта 1946 г. НКГБ СССР был переименован в Министерство государственной безопасности СССР (МГБ СССР). Соответственно, были переименованы и местные управления и отделы НКГБ в управления и отделы МГБ.
Существенная реорганизация произошла в 6 управлении МГБ СССР. Приказом МГБ СССР № 00134 от 15 апреля 1946 г. на его основе было создано Управление охраны № 2 МГБ СССР, а 1-й отдел 6 управления, занимавшийся охраной Сталина, был преобразован в Управление охраны № 1. Штаты управления охраны № 1 были объявлены приказом МГБ СССР № 00152 от 24 апреля 1946 г. Таким образом организация охраны Сталина (Управление охраны № 1) была отделена от охраны остальных членов Политбюро и Правительства (Управление охраны № 2).