— 1 отдел — работа по режиму, надзору, агентурному наблюдению и изучению поведения, связей, настроения ссыльных, высланных и спецпереселенцев в целях исключения побегов и своевременного предупреждения вражеских проявлений (Казахстан, Киргизия, Таджикистан, Туркмения, Узбекистан, центральная и северная полоса СССР);

— 2 отдел — то же (Урал, Сибирь и Дальний Восток);

— 3 отдел — подготовка мест расселения, перемещение контингентов, учет и информация;

— 4 отдел — руководство розыскными отрядами;

— 5 отдел — работа по рассмотрению жалоб, заявлений, следственных дел и дача по ним заключений.

13 ноября 1950 г. приказом МГБ СССР были объявлены штаты новой структурной единицы в Центральном аппарате МГБ — Управления военного снабжения (УВС МГБ СССР).

В соответствии с тем, что милиция была передана МГБ и туда же были переданы в течение 1950 года и все учеты и картотеки уголовных преступников, работа отдела "А" (учетно-архивного) приказом МГБ СССР № 00565 от 28 ноября 1950 г. была перестроена: в отделе создавались секторы вместо отделений и было принято новое положение об Отделе "А".

Решением Политбюро ЦК ВКП(б) от 31 декабря 1950 г. в МГБ СССР была создана Коллегия из 19 членов.

В соответствии с постановлением СМ СССР № 1482-748сс от 6 мая 1951 г. приказом МГБ СССР № 0034 от 19 мая 1951 г. внутренние войска МГБ и войска правительственной связи были реорганизованы во внутреннюю охрану МГБ. Было организовано Главное управление внутренней охраны (ГУВО) МГБ СССР.

Приказом МГБ СССР 18 июля 1951 г. Военные прокуратуры и Военные трибуналы войск МВД были переименованы в Военные прокуратуры и Военные трибуналы войск МГБ СССР.

Приказом МГБ СССР № 00783 от 27 октября 1951 г. был организован Мобилизационный отдел МГБ СССР.

В 1951 году внешняя разведка была возвращена в МГБ из КИ при МИД СССР. Приказом МГБ СССР № 00796 от 2 ноября 1951 г. было создано 1 Главное управление (разведка) МГБ СССР, в него вошло полностью и 1 управление со своими штатами и личным составом.

В соответствии с постановлением СМ СССР № 615-200сс от 2 февраля 1952 г. приказом МГБ СССР № 00100 от 14 февраля 1952 г. Управление делами и ХОЗУ были объединены в Административно-хозяйственное управление (АХУ). При этом был организован самостоятельный Плановый отдел МГБ СССР.

Приказом МГБ СССР № 00329 от 23 мая 1952 г. ГУО МГБ СССР было преобразовано в Управление охраны (УО) МГБ СССР. Начальник ГУО МГБ генерал-лейтенант Н.С.Власик был снят с работы, а руководство охраной руководителей партии и правительства было поручено министру ГБ С.Д.Игнатьеву (по совместительству).

В соответствии с распоряжением СМ СССР № 11826рс от 16 мая 1952 г. приказом МГБ СССР № 00383 от 7 июня 1952 г. было организовано Управление учебных заведений МГБ СССР.

В соответствии с постановлением СМ СССР № 3851-1539с от 22 августа 1952 г. приказом МГБ СССР № 00763 от 12 сентября 1952 г. было организовано Главное управление МГБ СССР по контролю и инспектированию ведомственной охраны.

По инициативе И.В.Сталина было принято решение Бюро Президиума ЦК КПСС БП 7/12-оп от 30 декабря 1952 г. об объединении 1 и 2 главных управлений и ряда других подразделений центрального аппарата МГБ в Главное разведывательное управление (ГРУ) МГБ СССР. Это решение было объявлено приказом МГБ СССР № 006 от 5 января 1953 г. Тогда же Сталин задумал реорганизовать и всю службу наружного наблюдения и оперативной работы 7 управления. Однако эти проекты (образование ГРУ и реорганизация 7 управления) не были доведены до конца и их штаты так и не были утверждены до самой смерти Сталина.