Приказом НКВД СССР от 12 января 1944 г. Отдел трудовых и спецпоселений ГУЛАГа был переименован в Отдел спецпоселений (ОСП) ГУЛАГа НКВД СССР, а его начальником был назначен бывший начальник Контрольно-инспекторского отдела ГУЛАГа полковник П.И.Мальцев.

Приказом НКВД СССР № 129 от 29 января 1944 г. Управление государственными архивами было переименовано в Главное архивное управление (ГАУ) НКВД СССР.

Приказом НКВД СССР от 17 марта 1944 г. на базе ОСП ГУЛАГа НКВД СССР был образован Отдел спецпоселений (ОСП) НКВД СССР. Его начальником был назначен бывший офицер для особых поручений при наркоме внутренних дел СССР полковник гб М.В.Кузнецов.

Приказом НКВД СССР от 28 августа 1944 г. на базе Отдела спецлагерей ГУЛАГа был образован Отдел спецлагерей НКВД СССР (фильтрация возвращающихся на Родину из плена советских граждан). Его начальником был назначен бывший заместитель начальника УНКВД по Московской области полковник гб Н.И.Шитиков.

Приказом НКВД СССР от 1 декабря 1944 г. на базе Отдела НКВД СССР по борьбе с бандитизмом было образовано Главное управление НКВД СССР по борьбе с бандитизмом (ГУББ НКВД СССР). Его начальником был назначен бывший начальник ОББ НКВД СССР комиссар гб 3 ранга А.М.Леонтьев.

Приказом НКВД СССР от 5 декабря 1944 г. был образован Отдел спецзаданий НКВД СССР. Его начальником был назначен бывший начальник разведотдела, он же — зам. начальника Главного управления войск НКВД по охране тыла действующей Красной Армии генерал-майор В.С.Егнаров. (Приказом МВД СССР от 20 декабря 1946 г. Отдел спецзаданий МВД СССР был расформирован, а его бывший начальник генерал-майор В.С.Егнаров приказом МВД СССР от 14 ноября был назначен министром внутренних дел Туркменской ССР).

Приказом НКВД СССР от 6 января 1945 г. в составе Главного управления лагерей горно-металлургических предприятий (ГУЛГМП) НКВД СССР было образовано Спецметуправление (разведка, добыча и переработка урана). Его начальником приказом НКВД СССР от 12 марта 1945 года был назначен бывший зам. начальника Дальстроя комиссар гб С.Е.Егоров. Приказом НКВД СССР от 28 июня 1945 г. Спецметуправление было переименовано в 9 управление НКВД СССР, а приказом НКВД СССР от 10 октября 1945 г. 9 управление было передано в Первое главное управление при СНК СССР.

Приказом НКВД СССР от 11 января 1945 г. УПВИ НКВД СССР было реорганизовано в ГУПВИ НКВД СССР. Его начальником был назначен генерал-лейтенант И.А.Петров.

Приказом НКВД СССР от 20 февраля 1945 г. Отдел спецлагерей НКВД СССР был переименован в Отдел проверочно-фильтрационных лагерей (ОПФЛ) НКВД СССР (начальник комиссар гб Н.И.Шитиков).

Приказом НКВД СССР № 00175 от 7 марта 1945 г. для наблюдения за работой Управления специальных объектов НКВД СССР в Крыму в составе НКВД СССР был организован 6 спецотдел НКВД СССР. Начальником этого спецотдела был назначен Т.И.Попов.

Приказом НКВД СССР от 28 марта 1945 г. было образовано Управление специальными объектами НКВД в Крыму (руководство Ливадийским, Воронцовским и Юсуповским дворцами и совхозами НКВД "Красный" и "Молодая гвардия"). Начальником этого управления был назначен комиссар гб 3 ранга А.Я.Егнаташвили.