Хватило нескольких лет, чтобы от когда-то внушительной силы остались крохи. Над прозябавшими без присмотра самолётами поработали погода и время: палящее солнце летом, дождь и снег зимой (чехлы растаскивались хозяйственным населением в первую очередь) быстро исчерпали ресурс по хранению, многие узлы поразила коррозия, годами не возобновлялась смазка, не говоря уже о разукомплектованности большинства машин (а запчасти для снятой с вооружения техники списывались в металлолом). Кое-где всё же удавалось избежать разрухи: на 322-м АРЗ оставшуюся четвёрку МиГ-27Д больше года сохраняли в боеготовом состоянии, изыскивая дефицитный керосин и каждый месяц поднимая в воздух, но осенью 1994 г. и они были сданы на базу хранения в Славгород. Не пустили «под нож» и машины, находившиеся на Львовском ремзаводе. Через некоторое время они пригодились — заинтересованность в поставках МиГ-27М высказала Шри-Ланка, куда вскоре и стали уходить «подновлённые» машины, прекрасно зарекомендовавшие там себя в боевой обстановке — непрекращающихся стычках с местными партизанскими формированиями «тигров освобождения». Сохранились МиГ-27М и Д и в ВВС Казахстана, созданных 7 мая 1992 г. 14 ноября 1996 г. при проходе на предельно малой высоте над аэродромом Талды-Кургана (переименованного к тому времени в Талдыкорган) потерпел катастрофу, столкнувшись с землёй, МиГ-27М, пилотируемый майором Ю. А. Щегольским.

В России к 2000 г. в лётном состоянии, помимо находящихся на на хранении, оставались единичные МиГ-27. В их число входили несколько МиГ-27К в 929-м ГЛИЦ в Ахтубинске, а также в Липецке, где самолёты время от времени проходили предписанные облёты. Сохранялись также несколько машин, принадлежавших МАПО и находившихся на стоянках заводской лётной базы в Луховицах и Жуковском, где уцелели один из МиГ-23БН и «голубая единица» — первый опытный экземпляр МиГ-27М для ВВС Индии, переоборудованный в демонстратор возможности модернизации самолёта для поставок на экспорт.

Одной из таких работ «с прицелом» на модернизацию индийских истребителей-бомбардировщиков стало оснащение в сентябре 2003 г. уже не летающей к тому времени «голубой единицы» МиГ-27М образцом двигателя АЛ-31Ф, унифицированного с используемым на Су-27, а в марте 2004 г. на «Салюте» начались стендовые испытания первого экземпляра этого двигателя, предназначенного для установки на МиГе.

15 января 2008 г. на аэродроме ЛИИ в Жуковском начались лётные испытания МиГ-27М (бортовой номер 115), доработанного под установку нового двухконтурного двигателя АЛ-31Ф серии 30С. Первый испытательный полёт выполнил лётчик О. В. Антонович. Двигатель, разработанный на Московском машиностроительном предприятии «Салют», отличается от базового изделия нижним расположением коробок агрегатов, изменённой схемой крепления и новой обвязкой. По сравнению со штатным Р-29Б-300 он имеет на тонну большую тягу, на 200 кг меньшую массу и на 16–20 % лучшую экономичность на бесфорсажных режимах работы. В сумме, только за счёт нового двигателя боевая эффективность «ремоторизованного» МиГ-27М может повыситься на 22–27 %.