В конце концов, к 1993 г. судьба оставшихся МиГ-27 была предрешена. После вывода войск на территории бывших советских республик оказалось внушительное количество авиационной техники. Времена изменились, и затяжной кризис не позволял содержать прежнюю мощь. В условиях всеобщего дефицита и недостатка средств (лётчики тогда по полгода не получали зарплату) сокращение ВВС стало неизбежным. В российских ВВС с вынужденным переводом тысяч лётчиков из соседних республик образовался избыток лётного состава — на одноместный самолёт к 1993 г. в среднем приходилось два лётчика, при нормальном соотношении, с учётом резерва экипажей, 15 человек на 10 самолётов. Свою роль сыграли реформаторские веяния и условия договоров, после распада СССР признанных Россией, Украиной и Белоруссией. Лимиты соглашений дамокловым мечом нависали над Вооруженными Силами — в условиях, когда и новых машин имелось с избытком (с точки зрения Договоров), естественным выбором становилось сокращение за счёт вывода в резерв и списания техники постарше.

В соответствии с директивой Генштаба ВС РФ от 1 июля 1993 г. были сформированы новые командования фронтовой авиации и резерва и подготовки кадров. Под началом ФА находилось пять воздушных армий, КРПК насчитывало 16 авиаполков. На вооружении ФА оставались только современные самолёты, к которым Главком причислил МиГ-29, Су-27, Су-24 и Су-25. Среди них МиГ-27 места не нашлось…

В 1993 г. началось массовое списание МиГ-27 с последующей ликвидацией ИБА как рода военной авиации (предыдущими планами Главкомата ВВС предусматривалось, что МиГ-27 останутся на вооружении, с учётом ресурса и уровня боевой эффективности, как минимум до 2005 г.). Её задачи передавались бомбардировщикам и штурмовикам, для замены которых сорок лет назад приказным порядком и была образована ИБА. Теперь тем же директивным решением она упразднялась, полки истребителей-бомбардировщиков большей частью расформировывались, а частью переводились на штаты БА и ША и перевооружались Су-24 и Су-25.

Определяющим при перевооружении было соотношение бомбардировщиков и штурмовиков в ударной авиации конкретного направления, однако все штурмовые авиаполки (за исключением вновь сформированных) вели родословную от частей ИБА на МиГ-27. Причиной, в известной мере, был ряд сходных особенностей Су-25 и МиГ-27 в технике пилотирования. Штурмовик отличался норовистостью при взлёте и особенно посадке, когда малая база и колея шасси снижали его устойчивость на полосе, а большая боковая проекция киля и крыло изрядного удлинения делали самолёт склонным к рысканию. Аварийность в полках при освоении Су-25 была высокой, не обходилось без поломок вследствие юза и крена на пробеге, иногда с задеванием крылом земли. Опыт пилотирования МиГ-27 с несколько похожим поведением (высокая глиссада, чувствительность к боковому ветру, необходимость повышенного внимания за креном и скольжением) облегчал лётчикам переучивание.