18-й гв. апиб в Галёнках (Приморский край), на вооружении которого с 1989 по 1992 г. были МиГ-27Д и «кайры», был преобразован в 18-й гв. ошап в марте 1993 г. Штурмовым стал и выведенный из Прибалтики на Кубань 899-й полк. Дольше других продолжали летать на МиГ-27 1-й гв. иапиб в Лебяжьем и флотский 88-й омапиб, расформированный только в 1994 г.

Бомбардировочным стал 224-й апиб из Приморья, два полка ИБА ленинградской 76-й ВА, включая бывший лидерный на МиГ-27 722-й апиб, так же, как выведенные из Германии 296-й и 559-й апиб в составе вновь сформированной на Северном Кавказе 4-й ВА.

К январю 1997 г. в ВВС России штурмовая авиация насчитывала 15 полков, бомбардировочная — 28. Окончательную точку в реформировании поставил Указ Президента РФ от 16 июля 1997 г., которым ВВС и ПВО преобразовывались в единый вид Вооружённых Сил — Военно-Воздушные Силы. ИБА в их составе уже не предусматривалась, хотя ударная авиация составляла более трети новых ВВС России.

Большую часть полков ожидала незавидная участь — расформирование со сдачей самолётов на базы хранения, где скопились сотни боевых машин. МиГ-27 отгоняли на базы хранения в Липецке, Тамбове, Степи, Чебеньках, Славгороде и Талды-Кургане. Большинство самолётов имело изрядный запас ресурса, но на хранении они быстро утрачивали не только боеспособность, но и пригодность к полётам — с «живых» машин, сдававшихся на хранение с полным набором комплектующих, растаскивали агрегаты, предписанное регламентом обслуживание с периодическими проверками систем, газовкой двигателя и облётом проводить было некому и нечем (финансирования и топлива не хватало даже строевым частям). В некоторых полках не находилось керосина даже для перегона на хранение и самолёты просто бросали на окраинах аэродромов. Три десятка МиГ-27 из 88-го омапиб, освобождая стоянки, отволокли в тундру, где и оставили. Похожей была картина в Галёнках: стоявшие без присмотра МиГ-27 были разворованы и растащены охотниками за цветным металлом, ставшими настоящим проклятием для авиации. Кончина боевых машин была удручающей: техника на практически неохраняемых стоянках превращалась в металлолом, за гроши менявшийся на китайскую тушенку и ширпотреб.

Часть МиГ-27 разделывалась на металл «государственным» путём, вполне официально, удовлетворяя договорным лимитам, а затем и с целью экономии на хранении. Самолёты разбирали, резали, а то и уничтожали подрывом шнуровыми зарядами, для чего западные «партнёры» охотно предоставляли специальную технику и оборудование. П. С. Дейнекин в феврале 1993 г. сообщал: «В этом году мы поставили на хранение с последующей разделкой на драгметаллы и металлолом около 2 тысяч самолётов… В ближайшее время это произойдёт с самолётами МиГ-23, МиГ-27, Су-17». С этой целью часть баз резерва и хранения преобразовывалась в базы утилизации, ликвидации и разделки авиатехники, перемалывающие недавно ещё грозные машины.