Невозможным оказалось объяснение ни из финно-угорских, ни из славянских языков многочисленных названий рек, кончающихся на — жма, — зьма, — сьма, — шма (Клязьма, Вязьма, Кинешма, Кесьма и др.). Эта группа формантов относится, вероятно, к неизвестному еще дофинноугорскому субстрату. В.В. Седов обратил внимание, что ареал распространения этих речных формантов близок к ареалу распространения памятников льяловской археологической культуры эпохи неолита (III–II тыс. до н. э.). Так географические названия доносят до нас голоса людей, живших 4–5 тыс. лет тому назад.

В западной части Центра России существует значительный балтский субстрат. Для балтских названий характерны окончания — са, — за, — ья, — рь, — ль, — ра, — нь, нередко оформленные в ходе дальнейшего развития славянским окончанием — ка, например Бутынь — Бутынка. Языковед В.Н. Топоров провел большую работу по выделению балтских гидронимов за пределами Литвы и Латвии. Среди них такие совершенно обрусевшие названия, как Пахра, Таруса, Руза, Гжать, Гжель, Искона, Протва и др. Гидронимы балтского типа широко распространены в Беларуси, Северной Украине и на запад и юго-запад от Москвы (в Московской, Калужской, Тульской, Смоленской, отчасти в Рязанской областях).

Однако основная часть и названий рек, и тем более населенных пунктов Восточной Европы, славянского происхождения. Они легко поддаются этимологизации, широко и повсеместно распространены.

Сложен вопрос об этимологии имени Волга. Упоминаемое античными авторами древнее ее название Ра, несмотря на существование различных гипотез на этот счет, остается неясным. В тюркских языках Волга именовалась Итиль (Идель, Атал, Атиль), что означает река. Отсюда вполне вероятно предположение, что русское название реки происходит от славянского влага (русское — волога) и первоначально могло также означать просто река. Однако существует и другая гипотеза — о финно-угорском происхождении гидронима: в эстонском языке валге означает белый, светлый; тогда Волга может переводиться как река Белая или Светлая. Высказывалось предположение и о более древнем, дофинноугорском происхождении названия. Этому разнобою во мнениях удивляться не приходится: чем крупнее географический объект, тем обычно древнее и его название, а чем древнее название, тем труднее установить его этимологию.

Возникало немало мнений и о происхождении названия Москва. Прежде всего, название столицы России означает город на реке Москве, и, таким образом, вне зависимости от этимологии названия реки, имя самого города уже славянского происхождения. Вопрос стоит об этимологии гидронима. Окончание — ва, характерное для многих финноугорских гидронимов (Лысьва, Сылва, Косьва и т. п.), наводило на мысль о финском происхождении. Но топонимы этого типа характерны для Приуралья, а не Подмосковья. Высказывалась и гипотеза о славянском происхождении топонима. Однако в последнее время наиболее обоснована гипотеза о происхождении названия из балтских языков, что вполне согласуется с распространенностью балтских топонимов вокруг Москвы. Но все же и сегодня вопрос не может считаться окончательно решенным.