Другая ошибка близко связана с предыдущей: попытка подобрать, не задумываясь о формантах, законах языка, истории народа и территории, подходящую этимологию. В этом случае этимологизатор создает новую топонимическую легенду, отличающуюся от народных в худшую сторону: в ней нет элементов фольклора. Так, один литератор пытался произвести название села Кидекша от русского глагола покидать, не обращая внимания на необъяснимый из славянских языков формант — кша (Икша, Шилекша, Колокша и т. п.), относящийся к древнейшим угро-финским формантам на территории нашей страны и возникший еще во II–I тыс. до н. э.

Невнимание к истории может подвести и серьезного ученого. Так, один из крупнейших русских лингвистов академик А.И. Соболевский пытался связать с ираноязычными скифами название деревни Сибирь в Смоленской губернии (ученый ошибочно, как впоследствии выяснилось, считал скифским и название Сибирь). Однако на самом деле смоленская деревня была самой глухой из вотчин графов Шереметевых, куда они ссылали провинившихся крепостных, домашней шереметевской «сибирью» (одно из отономастических значений слова Сибирь — место ссылки).

Изучать топонимические субстраты легче всего по названиям рек и озер (гидронимам): эти названия, особенно крупных рек, наиболее стойки. Одним из древнейших языковых слоев в гидронимии является иранский, оставленный скифскими и сарматскими племенами, обитавшими в степной зоне в I тыс. до н. э. — I тыс. н. э. С этими ираноязычными народами связаны названия крупнейших рек степной зоны — Дона, Днепра, Днестра и Дуная. В их названии присутствует корень дн, дон. Слово дон на осетинском языке (а он — прямой наследник аланского, в свою очередь восходящего к сарматскому) и сегодня означает воду. Термин вода во многих языках служил для обозначения реки, а наиболее крупные водные потоки обычно называли просто реками. Так и сегодня в бытовой речи жители сел зачастую называют свой районный центр просто городом, а ближайшую реку — рекой.

Для лесной же зоны более характерен финно-угорский субстрат. Финно-угорские племена занимали еще во II–I тыс. до н. э. обширные пространства Восточной Европы. Одним из древнейших финно-угорских формантов является уже упомянутое окончание — кша, — кса (Икша, Колокша, Шилекша, Ковакса, Юндокса и т. д.), которое в древних языках этой группы, вероятно, означало реку или ручей (например, в современном марийском языке икса — ручей). Названия рек, оканчивающиеся на — кша, — кса, распространены на огромной территории от правобережья Оки до Белого и Баренцева морей, но преимущественно, как выяснил археолог В.В. Седов, там, где находят памятники волосовской археологической культуры эпохи позднего неолита. Тем самым устанавливается, что эта культура оставлена древнейшими финно-угорскими племенами на территории России. С этими племенами связаны также форманты — ма, значение которого пока не выяснено (Ухтома, Андома, Кема и т. д.), и — ога, — ега, — уга, — юга, означающие реку (в современных финно-угорских языках йокки, йогги — река): Андога, Линдега, Ветлуга, Уфтюга и др. По наиболее распространенной гипотезе таково и происхождение названий рек Ока и Юг, означавших просто река.