Чтобы защитить драгоценные книги от пожара, Софья приказала хранить их в подвале под церковью Рождества Богородицы в Кремле, устроив там специальный тайник. Для его создания был приглашен итальянский архитектор Аристотель Фиораванти. Это было мудрым решением: летописи повествуют о десятках пожаров, опустошавших Москву.
Утверждают, что при сыне Софьи, великом князе Василии III переводом греческих книг занимался выдающийся ученый Максим Грек, позднее при Грозном — протестантский пастор Иоганн Веттерман из Дерпта. Но затем последовали мрачные годы, царь оставил науки и казнить своих подданных и тиранствовать, возможно, он повредился рассудком. Именно в это время Либерея исчезла, предполагают, что она была замурована в каком-то подземном тайнике. Именно его всю жизнь и пытался найти Стеллецкий.
Он изучал архивы, обследовал подземные ходы в Донском, Новодевичьем и других монастырях. Однако его попытки получить разрешение на проведение раскопок в Московском Кремле окончились неудачей. Затем была Первая мировая, потом — революция… Лишь осенью 1923 года И. Я. Стеллецкий вернулся в Москву; его квартиру в Хамовниках реквизировали, архив и библиотеку растащили. Все пришлось начинать заново.
С начала 1930-х годов Стеллецкий сотрудничал с Московским метрополитеном, собираясь создать музей «Подземная Москва». Ученый не забывал о легендарной Либерее. Он обращался в Моссовет, Наркомпрос, ЦИК, Совнарком и в конце концов получил разрешение на раскопки — и обнаружил белокаменный ход под Кремль из угловой Арсенальной башни. Однако в декабре 1934 года, после убийства Кирова, требования секретности резко ужесточились и раскопки запретили. В письмах Стеллецкого говорится, что Сталин лично обещал ему снова разрешить раскопки после войны, но ученый этого так и не дождался. Он умер 11 ноября 1949 года. Его похоронили на Ваганьковском кладбище. Могила его не сохранилась. Его основной труд «Мертвые книги в Московском тайнике» вышел лишь в 1993 году.
Писатель и журналист Глеб Алексеев, автор романа «Подземная Москва» (1925), ставший жертвой сталинских репрессий, был большим другом и учеником Стеллецкого, которого он описал под именем профессора Мамочкина:
«Человечество никогда не могло забыть о «неведомом сокровище», как назвал библиотеку царя Ивана наш историк Забелин. Ее видели многие. В шестнадцатом веке — Максим Грек и Веттерман, ученый патер из Дерпта, которого Грозный пригласил «прочитать ученые книги». Веттерман спускался в подземелье, составил даже «связку», то есть каталог книг, но, испугавшись, что Грозный замурует его как живого свидетеля его несметных богатств в подземном Кремле, уехал из России. В семнадцатом веке о библиотеке Грозного вспоминают в письмах Аркудий, Сапега, Паисий Лагарид. Царевна Софья посылает в подземелье своего дьяка Макарьева. И тот, продвигаясь по подземному ходу, нашел сводчатую камеру с решетчатым оконцем. Он просунул в оконце свечу и увидел заваленные обвалом потолка сундуки. В существование библиотеки глубоко верил Петр I, давший дьяку Конону Осипову средства для ее отыскания, ему же, умирая, Макарьев раскрыл секрет своего спуска под землю. Но только в девятнадцатом веке, словно вняв легендам, живущим до сих пор в русском народе, о богатствах грозного царя, — апологетами библиотеки впервые выступают ученые: Дабелов, Клоссиус, Тремер, приезжавший в Россию в 1891 году для самостоятельных раскопок, Соболевский, Щербатов и Стеллецкий. Щербатов, бывший помощник директора Исторического музея, спускался в подземелье и даже шел его ходами. Он жив и поныне… Но где же она? — место ее пребывания до сих пор не мог точно указать ни один человек. Грозный умертвил всех рабочих, замуровавших в землю его «в переплетах из чистого золота книги». Он понимал, что для того, чтобы сохранить библиотеку для грядущих веков, — мало ее засыпать, надо еще плотно забить глиной самый коридор, «запаковать» тоннель так, чтобы даже в подземелье к нему не было хода…»