Этот перенос явился для Карла, пожалуй, более тяжелым ударом но его имперской и церковной политике, нежели отвод вспомогательных панских войск во время его саксонской кампании. Император и его окружение восприняли эти меры как злонамеренные акции, направленные против них, и гнев императора обрушился на панского нунция. Перспективы достижения конфессионального единства империи были в этот момент мрачны как никогда. Даже военный триумф императора не мог скрыть тяжести положения. Аугсбургский рейхстаг должен был показать, о чем еще можно было договориться с субъектами империи.

Осенью и зимой 1546–1547 годов, то есть еще во время Шмалькальдской войны, Карл V начал реформу политического устройства империи. При этом он намеревался при максимально возможном сохранении существующего порядка изменить отношения между верховным главой империи и его субъектами путем создания «имперского союза», куда входили бы немецкие земли, а кроме того, итальянские области (Милан, Савойя и, по возможности, Неаполь), а также Нидерланды. С этим связывалось закрепление бесспорной гегемонии династии Габсбургов в империи и в Европе. Наиболее влиятельные субъекты империи отнеслись к проекту такой «федерации» с большим недоверием, поскольку он идеально подходил для реализации идеи Monarchia universalis прежде всего в пределах империи. В то же время группа мелких субъектов империи отнеслась к проекту достаточно положительно.

Так политика императора потерпела первое поражение. Оказалось, что старая конфессиональная поляризация, возникшая между императором и субъектами империи, выплеснулась за пределы конфессиональных фронтов. Субъекты империи перешли в оппозицию габсбургской идее Моnаrсhia universalis, сплотившись на основе «принципа немецкого единства», в основе которого лежала традиционная политическая структура империи.

Для того, чтобы хотя бы частично достичь своих первоначальных целей, Карлу V пришлось вести длительные и трудные сепаратные переговоры. Так, урегулировать правовые отношения между Нидерландами и империей удалось в Бургундском договоре от 26 июня 1548 года. Согласно этому договору, «нижние наследственные земли» Карла V и далее могли рассчитывать на защиту со стороны империи от внешней (французской) угрозы. Особое положение Нидерландов состояло в том, что на них не распространялась юрисдикция имперской судебной палаты. Решение Карла V обеспечить этим областям особое положение в империи оказало решающее влияние на их историю и последующий выход из состава империи.

Чего же в конечном счете добился император своей победой над Шмалькальдским союзом с точки зрения религиозной политики? Ситуация оказалась неблагоприятной во многих отношениях. После переноса места деятельности собора за пределы империи данное протестантам обещание созвать собор «в пределах немецких земель» оказалось нарушенным. Это значительно ослабило позиции Карла V на переговорах. Император пожинал плоды собственной политики, в которой он отказался однозначно осудить «Аугсбургское исповедание» и доверился неопределенным обещаниям протестантов подчиниться решению собора. Что касается католических субъектов империи, то теперь они уже решительно отказывались поддержать императора в его попытках найти решение религиозного вопроса в рамках имперского права. Политика императора основывалась на политическом расчете, стремлении к единству, сознанию необходимости реформ и раздраженности действиями папы, но подобную политику и католическая, и протестантская партии считали половинчатой и непоследовательной. В особенности это относилось к очередному «временному порядку», обнародованному императором в 1548 году. Этот документ был адресован только протестантам и касался вопросов, связанных с организацией обучения, и вопросов церковного права (разрешение брака для священников и участие мирян в богослужении). Это положение должно было действовать до решения собора.