Карл V добился очень многого: субъекты империи поддержали его войну против Франции и предоставили помощь для отпора Турции в юго-восточной Европе, однако мгновение победы было недолгим. Папа подверг очень резкой критике соглашательскую политику императора в грамоте, которая летом 1544 года разошлась по всей Европе. После этого протестантская партия, и в первую очередь лично Лютер и Кальвин, начали публицистическую кампанию в защиту Карла V — дело, доселе неслыханное, по так уж сложилось соотношение сил в Европе того времени.

После того, как в сентябре 1544 года император одержал победу над Францией и подписал мирный договор в Крепи, выяснилось, что эта победа, так же, как и предыдущая военная победа над Юлих-Клеве, должна стать не чем иным, как одной из промежуточных ступеней на пути решения религиозного вопроса в империи. Но об этом в то время знало лишь ближайшее окружение императора, а не европейская общественность. Становится понятным, почему функция поддержки императора в достижении его религиозно-политических целей (созыв собора, преодоление сопротивления протестантов созыву собора) была возложена на Францию, которой предназначалась роль сателлита без права принимать собственные принципиальные политические решения. Это было записано в одном из секретных приложений к мирному договору, заключенному в Крепи.

Французский король дал свое согласие на это лишь при условии территориального компромисса, в основе которого должно было лежать династическое решение: брак герцога Орлеанского с инфантой Марией или эрцгерцогиней Анной Австрийской с герцогством Миланским или Нидерландами в качестве приданого. Когда в следующем году герцог Орлеанский умер, Карл V отклонил предложенную Францией замену в лице Генриха (II). Опьяненный победами над Францией и уверенный в том, что сможет достичь ближайших целей своей политики и без поддержки Франциска I, Карл V упустил последний шанс долговременного примирения с Францией. Этот эпизод сильно укрепил вскоре взошедшего на французский престол Генриха II в его непримиримой враждебности к Габсбургам.

Застой во французско-габсбургских отношениях привел к тому, что резко возросло значение примирения между Карлом V и папой Павлом III в вопросах собора и церковной политики в империи. Папа, наконец, созвал собор, который должен был открыться в марте 1545 года в Триенте (Тренто). В действительности собор открылся лишь в декабре следующего года. Одновременно папа протянул императору руку помощи в войне против еретиков, пообещал предоставить в его распоряжение двенадцатитысячную армию и значительные денежные средства. Папская курия с наибольшим удовольствием начала бы эту войну немедленно.

Летом 1545 года на повестке дня Вормсского рейхстага стояли переговоры по поводу обещания «реформации христианства», данного Карлом V в 1544 году. Однако император к тому времени еще окончательно не решился на войну против еретиков, хотя уже и начал соответствующим образом укреплять свои политические и военные позиции. Но в этот момент он еще не располагал достаточными военными средствами и, кроме того, не был полностью уверен в том, что удастся успешно отразить возможное нападение Турции. Активный поиск союзников внутри империи был окончательно завершен лишь в июне 1546 года во время Регенсбургского рейхстага, который полностью прошел под знаком подготовки императора к войне. Герцоги Баварские под прикрытием видимости нейтралитета предоставили в распоряжение императора свои земли в качестве базы для развертывания наступления. В награду за это император пошел наконец на осуществление намеченного еще в 1534 году династического проекта, связанного с женитьбой герцога Альбрехта на эрцгерцогине Анне Австрийской. Помощь Баварии была тем более ценной, что южногерманские имперские города отказали императору в поддержке.