Кроме того, Алексеевы дали Москве двух градоначальников: Александра Васильевича (1840–1841) и Николая Александровича (1881–1893). Николай особенно знаменит: двадцати пяти лет от роду он был избран гласным Московской городской думы, а в тридцать два стал городским головой и проработал на этом месте три срока. Алексеев построил десять больниц, тридцать училищ, прекрасно оснащенные скотобойни — «одно из грандиознейших сооружений этого рода во всём мире», такие жизненно важные для большого города системы, как водопровод и канализация. Он проложил первые метры московского асфальта, разбил множество скверов и бульваров. Именно ему, душеприказчику С. М. Третьякова (которому жена Алексеева приходилась племянницей), москвичи обязаны открытием Третьяковской галереи.
Известнейшая психиатрическая больница в Москве — «Кащенко», «Канатчикова дача» — тоже была выстроена стараниями Алексеева, на собранные им пожертвования, и носит его имя. Говорили, что однажды к Алексееву пришёл один богатый купец и сказал: «Поклонись мне в ноги при всех, и я дам миллион на больницу». Алексеев, ни слова не говоря, поклонился. Изумлённый купец тут же выложил деньги.
Алексеев не собирался покидать своего поста и готовился к четвёртым выборам, но в самый день выборов, 9 марта 1893 года, в здании им же построенной Думы (здание через Иверские ворота от Исторического музея) он был смертельно ранен выстрелом в упор. Убийца был пойман и на суде признан сумасшедшим. Мотивы убийства не ясны, скорее всего, дело было в личной мелкой обиде: грек по матери, страстный, артистичный Алексеев умел резко осадить собеседника, высмеять, унизить.
А. В. Амфитеатров, популярнейший писатель и публицист того времени, говорил после гибели Алексеева, что с ним, в масштабах Москвы, повторится та же история, какой Екатерина Вторая характеризовала значение Петра Великого для России. При каждом новом начинании императрица приказывала изучить архивы: не задумывал ли чего-либо в этом роде Пётр, и каждый раз выяснялось, что, действительно, задумывал и планировал. «Так и с Алексеевым, — предсказывал Амфитеатров, — долго ещё москвичи при каждом своём дельном общественном предприятии будут натыкаться на имя этого человека».
После трагической смерти городского головы Дума ассигновала двести тысяч рублей на благотворительные учреждения его имени. А предпринимательскую и филантропическую деятельность Николая Александровича продолжила его вдова Александра Владимировна: сыновей у супругов не было, и по завещанию огромное состояние мужа перешло ей. Александра Владимировна, урождённая Коншина, не побоялась заступить на мужнино место и стала директором правления товарищества «В. Алексеев». В память о муже она сделала одно из самых крупных пожертвований за всю историю Москвы. На её средства были устроены корпус и лечебные мастерские в Алексеевской психиатрической больнице, пятьдесят тысяч рублей выделено на пособия бедным купеческим вдовам, открыт приют на шестьдесят восемь девочек-сирот при Пресненском попечительстве о бедных. Александра Владимировна пережила мужа на десять лет и скончалась в 1903 году, завещав Москве почти полтора миллиона рублей.