Родился 21 октября 1824 года в Воронеже в мещанской семье. Учился в духовном училище и семинарии, где у него пробудился интерес к литературе, в это же время начал писать первые стихи. Отец, вначале довольно состоятельный торговец, рассчитывал послать сына в университет, но дела его расстроились, и Никитин вынужден был помогать отцу.

В 1844 году отец Никитина купил постоялый двор и поселился там с сыном. Однако пьянство и буйный характер отца привели семью к разорению, вынудившему Никитина стать содержателем постоялого двора.

Иван Никитин занимался самообразованием, изучая французский и немецкий языки, а также произведения русских и зарубежных писателей (Шекспир, Гюго, Гёте, Шиллер, Гейне и др.).