Одним из ответвлений школы Тэндай стала чрезвычайно популярная в Средние века, да и в сегодняшней Японии, школа Чистой земли будды Амида — Дзёдо-сю. Дзиэн покровительствовал новому учению и предоставил убежище его основателю — Хонэн и его ученику — Синран. С тех пор каждый глава штаб-квартиры секты Дзёдо — храма Хонгадзи, чтобы быть признанным в этом качестве, обязан пройти своеобразную стажировку в Сёрэн-ин.
Вообще, верность традициям — главная и лучшая традиция Сёрэн-ин. Так, например, семнадцатый по счету настоятель храма и один из сыновей императора Фусими в Средние века стал создателем уникального стиля каллиграфии, объединившего в себе лучшие китайские и японские традиции. Этот стиль и сегодня передается из поколения в поколение настоятелями храма и считается одной из его «визитных карточек».
О своей близости правящей династии Сёрэн-ин напомнил в 1788 г., когда страшный пожар уничтожил императорский дворец и храм стал временной резиденцией едва спасшегося в огне двора. Сам император при этом жил в Кобун-тэй — небольшом павильоне, использовавшемся после Реставрации Мэйдзи (1868) и переезда столицы в Токио в качестве чайного домика. К сожалению, в 1993 г. «традиция» дала о себе знать и тут — как и большинство японских храмов, Кобун-тэй сгорел, но вскоре был восстановлен в первоначальном виде. В 1995 г. глава чайной школы Урасэнкэ в присутствии принца Микаса-но мия провел первую чайную церемонию в обновленном здании. Через десять лет было восстановлено изрядно поблекшее от времени главное сокровище Сёрэн-ин — мандала (буддийское схематичное изображение Вселенной) — дар военного объединителя Японии Тоётоми Хидэёси. В центре мандалы изображен буддаДайнити Нёрай, но вообще Сёрэн-ин — единственный храм в Японии, посвященный популярному в период Хэйан, а ныне практически забытому, будде — Синдзёко Нёрай.
Главный павильон храма был отреставрирован в 1895 г., тогда же, когда совсем неподалеку от него был построен Хэйан дзингу и восстановлен Бутокудэн — главный зал для занятий японскими воинскими искусствами в этой стране. Прямая, как стрела, дорога связала эти храмы, открыв новую эпоху в развитии Сёрэн-ин. Элитный клуб, объединивший лучших мастеров японских воинских искусств, педагогов и философов будо, сразу получил признание императорского дома Японии, и ее главой, как мы помним, был назначен генерал принц Комацу-но мия Акихито.