Некоторые нарушения ритуала захоронения Тутанхамона, казалось бы, подтверждают теорию покушения. Несмотря на наличие таких поразительных золотых артефактов, как саркофаг и маска, его усыпальница была меньше обычных и частично недостроена. Некоторые из сокровищ, поразивших мир, даже оказались «заимствованными» из других гробниц — то в одном, то в другом месте имена бывших владельцев закрашивались и заменялись на «Тутанхамон». Говорит ли это о том, что молодой правитель умер так внезапно, что его похороны не сумели подготовить соответствующим образом?

Если Тутанхамон и вправду был сыном Эхнатона, он мог впасть в немилость у жрецов из-за отца, который вошел в историю как основатель первой в мире монотеистической религии, отвернувшись от старых египетских богов в сторону поклонения Атону, богу солнечного диска. Кстати, имя Тутанхамона, также как и имя его отца, отсутствует в «списке фараонов» в храме Сети в городе Абидос.

Складывается впечатление, что кто-то вознамерился вычеркнуть имя Тутанхамона из истории. Главным подозреваемым является Хоремхеб, могущественный придворный, возвысившийся при правлении Эхнатона и продолжавший удерживать в своих руках командование египетским войском и при непродолжительном правлении Тутанхамона. После внезапной смерти юного правителя Хоремхеб взял на себя ответственность за восстановление древних храмов, распорядившись написать собственное имя поверх имени Тутанхамона — даже там, где на рельефах очевидно было изображение молодого человека.

Но даже в большей степени подозрение падает на Эйе, который, возможно, приходился Тутанхамону дедушкой и исполнял при нем обязанности своего рода визиря или премьер-министра. Эйе пришел к власти после внезапной смерти юноши. В свою очередь, Хорем-чеб унаследовал престол после Эйе. Также похоже, что Эйе взял в жены вдову Тутанхамона — Анхесенамон. Не исключено, что и сама Лнхесенамон имела отношение к убийству мужа. В конечном счете, царицы Древнего Египта могли наследовать трон.

Статья Ричарда Боуэра «Рентгеновские снимки черепа и шейных позвонков Тутанхамона: критическая оценка», опубликованная и 2003 году, указывает на отсутствие данных о смерти вследствие по лучения травмы.

Серьезные египтологи, как правило, с сомнением относятся к теориям, основанным на рентгеновских снимках, но в начале 2005 г. Захи Хавасс, Генеральный секретарь высшего совета по древностям Египта, подверг мумию Тутанхамона компьютерной томографии. Обнаружился серьезный перелом левой ноги юноши, который вполне мог привести к смертельному заражению крови. В 2007 году Хавасс объявил свое мнение: скорее всего, фараон упал с колесницы но время охоты. В гробнице были обнаружены весенние цветы, что означает, что мумификация началась за шесть недель до этого — точно в середине зимнего охотничьего сезона. Также вместе с Тутанхамоном были погребены колесницы — свидетельство, указывающее на то, что он был страстным охотником. Наличие фрагмента кости в черепе Тутанхамона списали на недобросовестных бальзамировщиков или на неосторожное обращение с мумией археолога Говарда Картера и его команды.