Вооружение располагалось в носовой части и состояло из двух 20-мм пушек MG-151/20 (по 120 патронов на каждую) и пары 30-мм пушек МК-103. Расчетные характеристики Ме-109TL были заявлены выше, чем у Ме-262 (например, максимальная скорость составляла 980 км/ ч!) вследствие более узкого миделя фюзеляжа.
Последующее интенсивное изучение Me-109TL показало, что слишком большое количество компонентов от разных самолетов может сказаться на сроках доводки истребителя и тем самым концепция самолета-дублера для Ме-262 теряет всякий смысл.
Несмотря на то, что работы по доведению Ме-209 до уровня полноценного истребителя продолжались уже четыре года, похвастаться было нечем, а о сроках окончания работ вообще старались не говорить. В это время успешные полеты прототипов реактивных Ме-262 показали новое направление развития авиации. По мнению авторитетных специалистов, все силы и средства необходимо было направить на развитие именно реактивной авиации. Это мнение поддержало руководство "Люфтваффе". В мае 1943-го работы по Ме-209 прекратили а пользу реактивных типов самолетов.
Все еще висящее над конструкторами из Аугсбурга задание на новый истребитель и конкуренция со стороны "Фокке-Вульфа", представившего проекты Fw-190DnTa-152, заставили приступить к разработке модернизированного, большего по размеру варианта Bf-109. Так как никакого практического результата от работ над первоначальным Ме-209 уже нельзя было ожидать, Технический департамент согласился перенести это обозначение на новый самолет. С самого начала планировалось, что новый истребитель будет иметь 65% узлов общих с BM09G. Официально самолет назывался Me-209-IIl.
Первоначальное предложение по Ме-209-П предусматривало использование крыла от Bf-109G с необходимыми доработками для обеспечения уборки шасси с дополнительным лонжероном и нишей под колесо шасси перед главным лонжероном. Двигатель DB-605 должен был быть заменен на DB-603, а подкрылье-вые радиаторы следовало заменить на один лобовой. Фюзеляж планировался по образцу BM09G, но с увеличенным килем. В результате Me-209-II не имел ничего общего с первоначальным Ме-209. Тем не менее, ряд номеров сохранили -первый опытный вариант назвали Ме-209 V5.
Новое шасси с уборкой к линии симметрии испытапи на BM09F-1, получившем обозначение BM09V31. Но продувки в аэродинамической трубе показали непрактичность сохранения старого крыла от ВМ 09 - решили поставить крыло с более тонким профипем и, как следствие, новой конструкции. В старом крыле планировалось ставить 30-мм пушки МК-108, но теперь для размещения боезапаса не было места. Проблему планировалось решить установкой обтекателей на верхней поверхности крыла. Эти обтекатели оборудовали на BM09V31, что снизило аэродинамическое сопротивление.
Кроме этого, на фюзеляже намеревались ставить 13-мм пулеметы MG-131 (патронные ящики включались в несущую конструкцию планера), хотя продувки показали, что установка пулеметов резко увеличивает воздушное сопротивление. В результате MG-131 решили перенести в центроплан. Это из-менипо центровку и заставило передвинуть стойки шасси на 0,25 м вперед.