— связь с иностранными разведками, в частности, с немецко-фашистской (непосредственно или через Л. Д. Троцкого), подготовка вооруженной агрессии против СССР, получение помощи от иностранных правительств и антисоветской и троцкистской эмиграции;
— целенаправленное вредительство на производстве и в сельском хозяйстве;
— организация кулацких восстаний в тылу Красной Армии в случае будущей войны;
— убийства деятелей советского государства: С. М. Кирова, В. Р. Менжинского, В. В. Куйбышева.
— убийство Максима Горького и его сына М. А. Пешкова.
— покушение на Ленина в 1918 году, подготовка покушений на Сталина и Н. И. Ежова.
Анекдотичность обвинений очевидна. Иногда кажется, что Сталин просто издевается над всеми, предлагая верить в Радека — убийцу Ленина.
Защитников имели только трое, остальные подсудимые при окончании предварительного следствия, а затем и на суде отказались от защитников, заявив, что защищаться будут сами.
На суде заслушивались показания свидетелей, рассказывавших о причастности Бухарина в 1918 году к группе «левых коммунистов», и показания экспертов: эти утверждали, что обвиняемые врачи действительно имели возможность ускорить смерть Менжинского (экспертиза опиралась при этом на слова тех же врачей).
Основную массу доказательств составили материалы предыдущих процессов и показания самих обвиняемых.
Все подсудимые признали свою вину, повторяли свои показания, добытые на предварительном следствии, каялись в преступлениях перед народом. До сих пор спорят, чем объясняется их поведение. Есть версия, что они были сломлены пытками, Есть — что их семьи стали заложниками. Есть, что коммунисты психологически не могли «идти против партии» и считали свою гибель «полезной для построения социализма». Скажу честно — у меня нет ни малейшего желания копаться в психологии этих монстров. Пусть занимается кто-то менее брезгливый.
13 марта 1938 года суд приговорил всех подсудимых, кроме троих, к расстрелу. Троих приговорили к 25, 20 и 15 годам заключения. Все эти трое, Плетнёв, Раковский и Бессонов были расстреляны 11 сентября 1941 года в Медведевском лесу под Орлом вместе с 154 другими политзаключенными при приближении гитлеровских войск.
По внутренним документам ВКВС Бухарин, Рыков и Крестинский были приговорены к расстрелу еще 2 марта, в день начала процесса. Возможно, это не ошибка, а отражение реального положения дел: сперва приговорили, потом огласили на суде.
Все осужденные, кроме Ягоды, были расстреляны и похоронены 15 марта на спецобъекте «Коммунарка» Московской области (ныне около МКАД). Дата и место расстрела и похорон Ягоды неизвестны. Естественно, есть версия «чудесного спасения» Ягоды. Есть и версия о том, что Ягода еще несколько месяцев был расстрельщиком во внутренней тюрьме НКВД.
Все осужденные на Третьем Московском процессе были реабилитированы в 1988 г. Кроме Ягоды.
Во время Московских процессов была развернута пропагандистская кампания в прессе. Многократно в ней печатались письма с осуждением обвиняемых, в том числе от лица видных советских ученых