Емкости бачка для форсажного топлива хватало примерно на 45 минут полета. За время испытаний летчик полковник А. Д. Алексеев совершил 44 полета, в том числе 8 — ночью. В отчете было специально подчеркнуто: «На самолете Ер-2 с установкой опытных моторов АЧ-30БФ впервые достигнуты удовлетворительные взлетные свойства с нормальным и перегрузочным полетным весом». Отмечалось, что моторы на форсированном режиме работали вполне удовлетворительно, обладали хорошей приемистостью. Полеты с выключением двигателя не производились. Алексеев особо отметил простоту пилотирования как днем, так и ночью, отличный обзор с кресел обоих пилотов, несложность выполнения ночной посадки. Максимальную взлетную массу машины в ходе полетов доводили до 18 тонн. Впечатленный полученными результатами, генерал Лосюков предложил срочно передать Ер-2 с АЧ-30БФ на государственные испытания. К сожалению, реализовать эту идею не удалось из-за низкой надежности силовой установки.

По решению наркомата, согласованному с командованием АДД, завод № 39 в январе 1945 г. был обязан изготовить и сдать на госиспытания в НИИ ВВС два эталонных Ер-2 с изменениями, внесенными главным конструктором, и устраненными дефектами. В качестве таковых были выделены самолеты зав. № 7103901 и № 7103902. Однако внезапная смерть Ермолаева и неразбериха, возникшая в связи с ней, позволили директору Абрамову по-тихому «замотать» указание НКАП.

Тем временем все больше бомбардировщиков поступало в строевые части. Доставкой серийных Ер-2 из Иркутска в европейскую часть страны занимались экипажи 73-й вспомогательной авиадивизии, специально развернутой в составе АДД для перегонки самолетов по сибирской трассе. В апреле 1944 г. из трех первых переданных в АДД машин две получил НИИ ВВС, а третью оставили в 73-й вад для подготовки и переучивания ее летчиков на новую матчасть. В июне следующая небольшая партия Ер-2 (4 самолета) отправилась «своим ходом» в Астафьево, где началось переучивание руководящего летного состава вновь сформированных полков. Начиная с этого месяца, ввиду ненадежной работы винтомоторной группы, в сдаточную программу ввели обязательный предварительный четырехчасовой полет на высоте 6000 м в районе аэродрома. С темпом 4–9 машин в месяц экипажи из 73-й вад перегоняли «еры» вплоть до декабря, а всего в течение 1944 г. пять авиакорпусов АДД (1-й, 2-й и 3-й гвардейские, 6-й и 8-й) успели принять 34 бомбардировщика. Еще 5 машин сидели на аэродромах сибирской трассы (два в Красноярске, по одному в Омске, Янауле и Казани). Наибольшее количество Ер-2 в 1944 г. попало во 2-й гвардейский авиакорпус ДД — 20 единиц.