В общем, как и следовало ожидать, госиспытания серийного Ер-2 2АЧ-30Б закончились оглушительным провалом. Заместитель начальника НИИ ВВС генерал-лейтенант Лосюков докладывал руководству Военно-воздушных сил: «Из 146 календарных дней периода испытаний самолет простоял на доводках и разного рода ремонтных работах 89 дней… Такие дефекты, как отказ замков гидроцилиндров шасси… зависание плунжера топливного насоса, разрушение труб турбокомпрессора, течь воды и масла… являются опасными для производства полетов». Основные претензии были связаны с мотоустановкой, но хватало и дефектов по планеру. Так, например, в ходе ночных тренировок выяснилось, что изогнутое остекление фонаря кабины пилотов вносило сильные искажения и затрудняло выполнение взлета и посадки. Командование АДД обратилось к конструктору с требованием о замене гнутых стекол на плоские, для чего следовало полностью изменить конструкцию фонаря. Донимали течи гидросистемы, недостаточная эффективность тормозов, отказы системы выпуска и уборки шасси, стрелковых и бомбардировочной установок. Важнейшим недостатком Ер-2 2АЧ-30Б по-прежнему оставалась его неспособность лететь без снижения на одном моторе даже у земли. Отказ одного двигателя в лучшем случае заканчивался вынужденной посадкой вне аэродрома. Большая длина разбега, малая скороподъемность бомбардировщика затрудняли выполнение взлета.

В числе наиболее серьезных дефектов силовой установки фигурировали выход из строя элементов топливной аппаратуры, турбокомпрессоров, регуляторов, поломки рессоры привода генератора и его замасливание. Вопреки бытовавшему мнению о том, что все дело «упиралось» в прецизионные узлы АЧ-30Б (форсунки, впрыскивающие насосы), на деле большинство неприятностей оказалось связано с элементарными нарушениями технологии при изготовлении обычных, а не «специфически дизельных» деталей. Порой отливки корпусов некоторых узлов на несколько миллиметров «уходили» от чертежей. В июне 1944 г. на завод № 39 прибыл целый десант из Москвы — комиссия наркомата авиапромышленности во главе с начальником ЦИАМа генералом Кашириным. «Комиссия, как и всякая, заседала, члены поругивались, сваливая грехи мотористов на самолетчиков и обратно — словом, картина обычная, — рассказывал А. К. Аронов. — Результатом явился документ с мероприятиями, реализация которых, как выяснилось впоследствии, дала ощутимые результаты, хотя и не вылечила силовую установку на 100 %».

Лишь к августу 1944 г. наиболее серьезные дефекты, препятствовавшие началу нормальной эксплуатации самолета, удалось устранить. К концу месяца в строевые части передали первый десяток машин. Начался этап переучивания летчиков АДД, в ходе которого «еры» эксплуатировались нещадно. «Один за другим поднимались и садились самолеты, беспрерывный гул работающих моторов создавал впечатление, что на аэродроме появился «вечный дизель», не останавливающийся ни на минуту,