Весной 1941 г. Шенкман был ранен в авиакатастрофе, поэтому временно обязанности директора завода № 18 выполнял А. А. Белянский. Именно ему пришлось «отдуваться», когда в марте 1941 г. Сталину доложили о состоянии, в котором оказались самолеты Ер-2. «За срыв выпуска самолетов Ер-2 и Ил-2» Белянскому и главному инженеру завода Н. Д. Вострову были объявлены выговоры от Шахурина. От Маленкова, курировавшего авиапромышленность в ЦК ВКП(б), получил нагоняй и сам нарком авиапромышленности. С 10 марта сдача самолетов Ер-2 2М-105 была включена в суточный график наркомата. Однако быстро «разгрести завалы» не удалось. На многих «беспризорных» самолетах в результате длительной стоянки под снегом и дождем отсырела электропроводка, проржавели трубопроводы, оказались поврежденными покрышки спущенных колес. Осмотрев несколько машин, заместитель старшего военпреда завода военинженер 2 ранга А. Т. Маковецкий доложил о наличии в кабинах «десятисантиметрового слоя песка».

На завод срочно вызвали Ермолаева, в его присутствии в последний день марта состоялось очередное совещание по вопросам устранения дефектов Ер-2. Было решено принять в качестве эталонного самолет зав. № 1851906.[6] Даже на этом «эталоне» приемка зафиксировала 60 дефектов, а на предыдущем (№ 11) их было 113. 10 апреля — новое совещание по Ер-2, теперь уже в Москве у генерала Астахова. Проблемы нарастали подобно снежному кому, а доверие к самолету и к главному конструктору оказалось сильно подорвано на всех уровнях. Только упорное желание всех инстанций «вытолкнуть» машину в строевые части заставляло продолжать работы. 12 апреля 1941 г. нарком авиапромышленности Шахурин подписал приказ № 330, в соответствии с которым заводу № 18 предлагалось «прекратить производство самолетов ДБ-3Ф» и «сосредоточить все внимание на сборке самолетов Ил-2 и Ер-2».

В начале мая 1941 г. Сталин сменил руководство Военно-воздушных сил (генералы Я. В. Смушкевич и П. В. Рычагов были отстранены, но пока еще не арестованы), как не справившееся со своими обязанностями, и назначил начальником ГУ ВВС генерал-лейтенанта авиации П. Ф. Жигарева. Последний потребовал информацию о состоянии производства всех самолетов новых типов. 16 мая 1941 г. начальник заказов вооружения ГУ ВВС КА генерал-майор Жаров доложил по вопросу Ер-2:

«…В апреле и мае 1941 г. начаты нормальные сдаточные полеты самолета и облетано 9 машин. Остальные самолеты доводятся на земле для предъявления к контрольному полету военпреда. По актам наземной приемки на 14 мая 1941 г. принято военпредом ГУ ВВС КА 13 самолетов… В строевые части в данное время не может быть отправлен ни один самолет, т. к. доработку их завод затягивает.