Но настоящим бичом серийных «еров» оказались пожары, внезапно возникавшие в полете. По этой причине только в 420-м ап до 1 сентября были потеряны три машины. В авиационной катастрофе 25 июля погиб воздушный стрелок из экипажа летчика Шведа, не успевший покинуть загоревшуюся машину, а спустя четыре дня летчику Садовскому пришлось сажать Ер-2 «на живот». Аварийный самолет сгорел. Заводская бригада, находившаяся в полку, категорически отметала вину предприятия, но факты упрямо свидетельствовали об обратном.

Наиболее вероятной причиной пожаров являлась негерметичность бензопроводки в мотогондолах. Бензин не просто подтекал из соединений — на некоторых машинах горючая жидкость едва ли не била фонтаном. Так, на самолете завода № 201 командированные в полк представители главного конструктора ведущий инженер Т. К. Сверчевский и старший мастер Слепнев после одного из полетов обнаружили, что «вся противопожарная перегородка и задняя часть капотов изнутри, все карбюраторы и задняя часть мотора оказались покрыты слоем свежей краски, употребляемой для подкраски горючего. Наличие течи (в меньшей степени) зафиксировано также на машине зав. № 101. Указанный дефект при длительном полете неминуемо должен был повлечь пожар самолета».

Ситуация казалась почти катастрофической. К тому же завод № 18 поставил на «еры» некачественные коллекторы выхлопных газов. Мало того, что их стыки были плохо подогнаны к блокам цилиндров, а медно-асбестовые прокладки периодически прогорали. Очень быстро выяснилось, что коллекторы имели пережог по сварке на фланцах, поэтому спустя два-три часа работы в условиях вибраций они давали трещины, через которые горячие выхлопные газы попадали внутрь мотогондолы. Впоследствии в своей книге «Самолет уходит в ночь» один из пилотов 420-го авиаполка, дважды Герой Советского Союза А. И. Молодчий, вспоминал еще об одной причине пожаров Ер-2: оказывается, дренажные трубки бензосистемы из-за конструкторской ошибки были выведены под капоты двигателей. Дефект выявил безымянный техник 420-го авиаполка, самовольно забравшийся в самолет и наблюдавший в полете за работой моторов через небольшие окна, имевшиеся в средней части фюзеляжа (в районе люковой установки). По словам Молодчего, «когда летчик убрал газ и перевел самолет на планирование, то из-под моторных капотов начали просачиваться пары бензина… скопляющиеся пары бензина в закапотном пространстве воспламенялись, когда летчик резко изменял обороты двигателей. Стоило лишь немного удлинить дренажные трубки, и пары бензина будут выходить прямо в атмосферу. Что немедленно и сделали. Так самый опасный дефект был навсегда устранен». А. И. Молодчий особо отметил мастерство и бесстрашие летчика В. Соловьева, который в течение одного летного дня сумел дважды посадить загоревшийся бомбардировщик.