Первые люди появились на территории нынешней Шотландии в эпоху мезолита, приблизительно за 7000 лет до нашей эры. Это были кочевые группы, которые приходили летом и уходили с приближением зимы. По всей видимости, эти кочевники мигрировали с юга, из будущей Англии или из Ирландии; также возможно, что какая-то их часть приходила из-за Северного моря, которое в эпоху мезолита представляло собой не море, а обширную болотистую равнину. Одно из древнейших мезолитических поселений обнаружено на острове Рум, другие поселения, более поздние, найдены на островах Оронсэй и Джура. Что касается территории «материковой» Шотландии, раскопки выявили остатки поселений эпохи мезолита в Банхори, графство Абердиншир, и Драйбурге в долине реки Туид.

На рубеже мезолита и неолита, около 4000 года до нашей эры, в Шотландии стали появляться оседлые общины, занимавшиеся не только охотой и собирательством, но и возделыванием земли. В период неолита в поселениях на западном и восточном побережьях Шотландии сформировались культуры, различавшиеся похоронными обрядами: на востоке над усопшими возводили курганы, круглые или вытянутые, а также ставили сложенные из камней пирамидки (кэйрны), тогда как на западе кэйрны чаще всего помещали в подземных погребальных камерах; примером подобного захоронения может служить Маэс-Хоув на Оркнейских островах. Что касается условий жизни, люди эпохи неолита строили деревянные и каменные дома, использовали глиняную посуду, употребляли в пищу овец и коров, рыбу и моллюсков, сажали овес и ячмень; многие свидетельства жизненного уклада неолитических обитателей Шотландии обнаружены при раскопках оркнейского поселения Скара-Брэй. Кроме того, до наших дней сохранились каменные круги и хенджи (сооружения из поставленных вертикально плит, наподобие знаменитого английского Стоунхенджа); наличие подобных сооружений, которые попросту невозможно было возвести в одиночку, заставляет предположить совместный труд нескольких общин, а поскольку такой труд требует централизованного управления, выдвигались гипотезы о возникновении в эпоху неолита прообразов социальной иерархии, появлении вождей-жрецов и, так сказать, прадруидов.

Около 2000 года до нашей эры на юге и востоке страны, возможно, обосновались пришлые чужаки, получившие прозвище «людей чаш» из-за вошедшей в ту пору в употребление орнаментальной керамики. Впрочем, ныне постепенно утверждается мнение, что «люди чаш» были местными, а переход к новому способу глиноделия объяснялся культурными заимствованиями. Приблизительно в те же годы Шотландии достигла техника обработки бронзы, причем олово для изготовления бронзы поступало из Корнуолла, тогда как запасы меди в стране были весьма обильны. «Бронзовый» социум существовал в Шотландии почти до наступления христианской эры, однако о нем мало что известно, за исключением того, что именно в эту эпоху в Шотландии сложилось общество кельтов.

До недавних времен в науке господствовала теория о так называемом «кельтском вторжении» в Шотландию и Уэльс из Ирландии и Галлии (Франция). Однако сегодня все более общепринятым становится мнение, что племена, обитавшие на территории Шотландии, благодаря налаженным торговым связям с центрами культуры полей погребальных урн (Южная Германия и среднее течение Дуная) и гальштаттской культуры (по городищу в Австрии, в 15 км от Зальцбурга), перенимали у жителей материка обычаи и, самое главное, язык — именно «протокельтский» язык, впоследствии разделившийся на множество диалектов, является общим для всех народов, традиционно относимых к кельтам. В частности, шотландские кельты позаимствовали с материка обычай возводить укрепления на холмах; эти «форты», сложенные из торфа, стали появляться в Шотландии приблизительно с 1000 года до нашей эры. Внутри стен строили круглые дома с крышами из тростника; известны также «озерные дома» (