В свои 14 лет юноша поступил в доминиканский монастырь святого Павла в Вальядолиде. Монахи-доминиканцы отличались особой аскетичностью и знанием богословских наук. Бытует романтическая легенда, что в молодые годы Томас увлекся красавицей-мавританкой, но девушка предпочла богатого мусульманина (или еврея). Было ли так в действительности, не установлено, но Торквемада на всю жизнь остался неукротимым антисемитом и ненавистником мусульман. Во всяком случае, от инквизиции пострадали больше всего именно иудеи и почитатели Аллаха.

Велика роль этого монаха и в поддержке инфанты Изабеллы (дочери короля). Он был не только духовником этой фанатичной католички, но и содействовал ее восхождению на трон. К тому же именно Торквемада сосватал Изабеллу принцу Фердинанду Арагонскому. Главной же чертой его характера была абсолютная неподкупность.

Занимая пост Великого инквизитора, Томас ни разу не поддался каким-либо соблазнам, а главной его заботой было освобождение страны от еретиков. Их, как оказалось, было великое множество.

В этот разряд прежде всего попадали те, кто не признавал (даже в малой степени) основ католического учения. Разумеется, первыми из первых в их числе были иудеи и мусульмане, а ведь именно они были в стране самыми богатыми гражданами, поскольку занимались торговлей и ростовщичеством.

Женщинам, как источникам соблазна и греха, инквизиция уделяла особое внимание. Ведь, по поверью, прекрасный пол вступил в союз с дьяволом ради обретения сверхчеловеческих способностей. Инквизиторы разработали особую юриспруденцию по отношению к ведьмам. Выделялись три категории: «черная», творившая исключительно зло, «серая» — она могла совершать и добро и «белая», помогавшая человеку.

В еретики мог угодить любой человек, независимо от возраста и пола, старец и младенец, военный и крестьянин, дворянин и даже высшая власть в лице самих королей. Вот яркий пример. Отчаявшись от непрекращающегося произвола, евреи решили подкупить королеву и короля, дабы те смягчили указом их жизнь. Казна Испании была пуста, а просителям удалось собрать на подкуп 30 000 золотых дукатов. Шанс на спасение у них был немалый. И вот когда король Фердинанд в присутствии Изабеллы уже был готов подписать указ, в зал аудиенции неожиданно вошел Торквемада. Бросив гневный взгляд на королевскую семью и высоко подняв над головой распятие, он громко произнес: «Иуда продал Христа за тридцать сребреников. Вы можете продать за тридцать тысяч. Вот он, продавайте!» При этом Великий инквизитор бросил распятие на стол, после чего стремительно удалился. Король и королева были так потрясены, что моментально выпроводили делегацию просителей, так и не подписав указ о милости к евреям.

Инквизиция зверствовала в ряде европейских стран, где господствующей религией было католичество. В Германии, например, виновные в нарушении заповедей Христовых вызывались в суд повесткой. Досудебное следствие велось с особым пристрастием, а приговор выносили вольные (выборные) судьи.

Покаявшийся грешник мог быть и помилован, но нередко осужденный приговаривался к казни с особой жестокостью.