Уже первые дни раскопок дали ученым богатый и весьма ценный материал. Среди прочих артефактов нашли длинный, плоский, хорошо отполированный черный камень, о предназначении которого тогда могли только гадать. А вскоре в лагере стали происходить неприятные события. Так, один из археологов случайно поранил руку костяным осколком, и вскоре у него развилась гангрена. Другой ученый получил тяжелое отравление после того, как решил прямо на месте раскопок перекусить припасенными сухарями. В обозе, который после описи перевозил найденные артефакты в Иркутск, пала половина лошадей. А через два месяца после начала раскопок в экспедиции вспыхнула холера. Прибывшие врачи не могли найти причину, вызвавшую столь серьезное заболевание, археологи, следуя инструкции, употребляли только кипяченую воду, в контакт с местным населением не вступали, да и случаев заболевания холерой в окрестных поселках зафиксировано не было. В результате раскопки прекратили, и в конце лета экспедиция вернулась в Москву.
Позже один из ученых, участвовавших в тех раскопках, узнал, что найденный полированный камень являлся своеобразной «черной меткой» — магическим предметом, выполнявшим функции оберега. Похожие предметы археологи еще не раз будут находить в местах раскопок.
Много неприятностей исследователям принесли проводимые в сороковых годах XX века раскопки на байкальском острове Ольхон, на священном мысе Бурхан (или Шаман-скала), захоронения эпохи неолита.
Мыс Бурхан с середины XVIII века известен русским переселенцам как место, где собирались для поклонения духам шаманы Тувы, Бурятии, Хакасии. Здесь издревле осуществлялись захоронения наиболее уважаемых представителей служителей языческого культа. Проведенные раскопки это подтвердили — ни в одном из культурных слоев даже на самой большой глубине не были найдены предметы быта или иные артефакты, которые бы свидетельствовали о существовании на острове древних поселений или даже стоянок. В то же самое время археологи наткнулись на большое количество предметов культа, выполненных из кости, камня, бронзы и даже драгоценных металлов.
По воспоминаниям одного из участников экспедиции, томского ученого Игоря Богдановича Селиверстова, едва только их группа высадилась теплым июльским днем на берег Ольхона, как погода начала стремительно портиться. Небо заволокли низкие тучи, поднялся ураганный ветер. Волны озера накатывались одна за другой на мыс, так и норовя смыть ящики и мешки с оборудованием, палатками и продуктами. Участникам экспедиции казалось, будто сама природа разгневалась на незваных гостей. Однако настоящие испытания были еще впереди.
Уже в первый же день вышли из строя новые аккумуляторы. Пара весельных лодок, пришвартованных к берегу, дали течь. А ночью все участники экспедиции слышали, как ночью кто-то ходил между палаток, издавая звуки, похожие на стоны. С этого времени не проходило ни дня, чтобы кто-нибудь не получал во время раскопок травмы. Вскоре женщины-археологи стали утверждать, будто во сне их кто-то душит. Они ощущали на себе прикосновение чьих-то холодных невидимых рук.