После смерти Лжедмитрия Земский Собор избрал в цари Василия Шуйского, самого знатного из бояр, род которого восходил к Рюрику. Однако южные области не признали власть Шуйского, здесь считали, что «царь Дмитрий Иванович» спасся и находится в Польше. Присланный «царем» воевода Болотников собрал на Юге войско и двинулся на Москву, в октябре повстанческая армия начала осаду столицы. Гражданская война принимала ожесточенный характер, повстанцы убивали дворян не только в сражениях, но и в поместьях, захватывали их имущество, уничтожали крепостническую документацию.[1583] «Идем вси и приимем Москву, – говорили повстанцы, – и потребим живущих в ней и обладаем ею, и разделим домы вельмож сильных, и благородные жены их и тщери приимем о жены себе».[1584] Почти все население Юга двинулось с Болотниковым на Москву. «И изыдоша множество народу с ним, – свидетельствует современник, – ине осташася во странах тех, ни в градах, ни в селех, никто же, но токмо женский пол осташа».[1585] Крестьяне не только Юга, но и многих других областей отказывались платить казенные налоги и оброки помещикам, многие уходили к Болотникову. Василий Шуйский, со своей стороны, делал все, чтобы собрать под свои знамена дворянство. Рискуя окончательно развалить поместную систему, царь стал раздавать не поместья, а вотчины – он даровал вотчины двум тысячам дворян.[1586] В марте 1607 года царь утвердил новое Уложение, в котором отказался признавать законность каких-либо переходов и пообещал дворянам вернуть всех крестьян бежавших или ушедших с 1592 года.[1587] В Уложении прямо говорится о том, что именно запрет крестьянского выхода стал причиной «великих распрь», которые и «ныне чинятся».[1588]

Власть пыталась внести раскол в среду восставших, отделить дворян от крестьян – и ей это отчасти удалось: дворяне из войска Болотникова перешли на сторону правительства. Дворянскому ополчению удалось одержать победу над крестьянским войском Болотникова, но летом 1608 года к Москве подошла новая повстанческая армия во главе с воскресшим «царем Дмитрием Ивановичем» (Лжедмитрием II). «Дмитрий приказал объявить повсюду… – свидетельствует К. Буссов, – чтобы холопы пришли к нему, присягнули и получили от него поместья своих господ, а если там остались господские дочки, то пусть холопы возьмут их себе в жены и служат ему. Вот так-то многие нищие холопы стали дворянами…»[1589] Множество простых крестьян влилось в ряды казаков, они выбирали своих атаманов и устанавливали в городах свою власть.[1590]

Во время войны казаки создали, по-видимому, по польскому образцу систему сбора кормов с местного населения (так называемую систему приставств). Таким образом, они пытались играть роль нового, противостоящего дворянству, военного сословия, к тому же опирающегося на новую военную технику – в отличие от рыцарей-дворян казаки были пехотинцами-пищальниками. Как отмечает В. Э. Лебедев, именно эти претензии казачества вызвали жестокую борьбу между казачеством и дворянством,[1591] хотя, конечно, большую роль играло и стремление дворян прекратить уход крепостных в казаки. О социальном составе повстанцев на позднем этапе гражданской войны можно судить по документам о 94 пленных, захваченных после разгрома в 1615 году одного из последних казачьих отрядов. Среди этих пленных 12 % были дворянами, 7 % – настоящими городовыми казаками и стрельцами, 24 % составляли «показачившиеся» крестьяне и 35 % – «показачившиеся» холопы.