Так, с 1996 года президент стал единолично утверждать структуру правительства и назначать его членов без согласия парламента, лишь «по консультациям» с премьер-министром, только он мог назначить референдум по изменениям конституции, президент также обрел право единоличного назначения глав местных администраций. С этого же времени парламент также лишился права требовать отчета правительства или отдельных его членов, а президент обрел право увольнять правительство в любой момент по собственному желанию.
24 декабря 1995 года в стране были проведены новые президентские выборы, на которых А. Акаев вновь победил с результатом в 71,65 % голосов. Формально выборы должны были пройти только в августе 1996 года, так как полномочия А. Акаева, подтвержденные референдумом, истекали в октябре. Не исключено, что президент пошел на досрочные выборы именно с целью деморализации не успевающей подготовиться к ним оппозиции. Он был выдвинут на пост президента 3 тысячами трудовых коллективов (!), Партией единства Кыргызстана и Демократической партией женщин Кыргызстана.
Однако уже следующие президентские выборы 29 октября 2000 года показали, что власть у Акаева уже не такая прочная: выборы обернулись международным скандалом. Дело в том, что, опираясь на требование Конституции о том, что кандидат в президенты должен владеть государственным языком, и статьи 61 Кодекса о выборах, гласящей, что владение государственным языком — это «умение читать, писать, излагать свои мысли и публично выступать на государственном языке», Центризбирком создал лингвистическую комиссию, возложив на нее обязанности по проверке владения государственным языком кандидатами на должность президента и оставив за собой право определения уровня владения государственным языком. ОБСЕ расценила языковой экзамен как противоречащий статье 25 Международной конвенции о гражданских и политических правах, ратифицированной Кыргызстаном, и статье 5 Копенгагенского документа ОБСЕ.
Один из главных конкурентов Акаева на выборах 2000 года — бывший вице-президент страны и лидер партии «Ар-Намыс» Феликс Кулов отказался сдавать данный экзамен, ссылаясь на неконституционность создания лингвистической комиссии.
И хотя Акаев и победил с серьезным перевесом, однако он не простил главного конкурента — в уголовном деле Ф. Кулова, вскрылись «новые обстоятельства». Дело в том, что 22 марта 2000 года Ф. Кулов был арестован в Институте кардиологии, где проходил лечение, по обвинению в злоупотреблении служебным положением на посту мэра Бишкека. Однако 7 августа 2000 года Военный суд Бишкекского гарнизона признал Кулова невиновным по предъявленному уголовному делу, он был освобожден, а 30 августа выдвинут кандидатом в президенты.
И вот теперь Бишкекский гарнизонный военный суд вновь рассмотрел пакет прежних обвинений и осудил Ф. Кулова на 7 лет лишения свободы с отбыванием наказания в колонии строгого режима. При этом Кулова лишили генеральского звания и всех наград.
Но для самого А. Акаева «точкой невозврата» стали события весны 2005 года — точнее, выборы 27 февраля и 13 марта в парламент. Дело в том, что к этому моменту истекал срок нахождения у власти президента, и контроль над парламентским большинством имел для власти решающее значение, ибо только он позволял либо путем дальнейших изменений конституции, либо путем избрания премьер-министром самого Акаева или его сына (или дочери) сохранить власть в руках правящего клана. Оппозиция открыто говорила о том, что прорабатывается вариант дестабилизации ситуации в стране и продления полномочий президента за счет введения чрезвычайного положения.