В течение пятнадцати секунд гибнут самые опасные террористы. Однако не все заложники послушались предостережения: двое растерянных людей не среагировали и погибли под перекрестным огнем. Одновременно через другой вход врывается вторая группа коммандос. Они быстро обыскивают комнаты для отдыха и в одной из них наталкиваются на двух террористов в гражданской одежде — в руке одного из них граната на боевом взводе. Падая на землю, коммандос поражает его очередями из «Узи». Однако граната взрывается, убивает обоих террористов и ранит двух израильтян. В это же время другие коммандос ликвидируют угадийских солдат. Из предназначенных на захват главного здания десяти минут штурмовая группа затратила только три.

Тем временем на территории всего аэродрома продолжается бой с остатками угандийских сил, под огнем которых израильтяне выполняют свое задание. Уже в самом начале, после приземления всех «Геркулесов», парашютисты вывели из них 2 бронетранспортера и прикрыли аэродром со стороны дороги в Кампалу. Одна из штурмовых групп с боем захватила башню управления полетами и радиостанцию авиапорта. Другая огнем из гранатометов и автоматического оружия уничтожила стоящие на аэродроме истребители, которые могли бы взлететь вдогонку за израильскими самолетами. Те, кто захватил здания, обыскивают помещения, забирая всех заложников. В ходе этих действий гибнут все террористы, которых, как оказалось, было больше семи. За акцией следил находившийся в воздухе на «Боинге 707» штаб Шомрона.

На 40-й минуте солдаты бригады «Голани», очистив территорию от угандийцев, начали эвакуацию заложников в самолеты. На 53-й — первый С-130 с освобожденными пленниками подымается в воздух. Через минуту, сняв отпечатки пальцев убитых террористов, по очереди взлетают остальные самолеты. Уже в последнюю минуту угандийцы пытаются помешать подняться четвертому самолету, выключив все аэродромные огни. Пилот выполняет стартовые операции, не видя даже взлетной полосы, совершенно вслепую. Операция в целом длилась 58 минут. Из Кампалы подкрепления так и не пришли до окончания операции.

Отряд израильских самолетов направился в Кению, правительство которой, к счастью, разрешило заправку в Найроби. Там перевели раненых коммандос в самолет-госпиталь, где ими занялись врачи, а затем, пролетев над океаном и Красным морем, участники операции направились в Израиль.

В результате были освобождены все заложники, кроме двоих, погибших во время атаки штурмовой группы, а также одной женщины, которая еще до атаки была помещена в больницу в Кампале, а потом убита по приказу разъяренного Иди Амина. Были убиты все террористы, от 20 до 35 угандийских солдат, и около 100 ранено. Уничтожены 11 угандийских истребителей. Погибли двое израильских коммандос: сержант Сурвин во время штурма башни управления полетами и полковник Ионатан Натаньяху. Этот молодой полковник, очень популярный в израильской армии, имевший много боевых наград, был известен просто как «Иони». Его убили на 40-й минуте, когда он, наблюдая за действиями своих солдат, на короткое время выглянул из здания. Несмотря на ожидаемые большие потери, ранения получили только несколько израильтян.