К концу 3-х недель бесплодных переговоров доктор Мюльдер сообщил о возникновении очень опасной ситуации. Из-за длительной изоляции у заложников начал формироваться так называемый «стокгольмский синдром». Это психологический процесс, который способствует возникновению симпатии жертв к своим преследователям. Заложники забывают, по чьей вине царит атмосфера страха и видят выход только в выполнении требований террористов. Зная, что все это в противном случае может плохо кончиться, они подсознательно желают успеха террористам, беспокоятся о них, а впоследствии сочувствуют им. Во время антитеррористической акции такая ситуация очень опасна. Известны случаи, когда, увидев коммандос, заложник криком предупреждает бандита и даже заслоняет его. Бывает, что террорист прячется среди заложников, и никто его не разоблачает. Подобные ситуации иногда заканчиваются общей бойней, поскольку солдаты дезориентированы, а преступник вовсе не отвечает взаимностью на чувства заложников.

Другим поводом беспокойства Мюльдера стало поведение похитителей. Они весьма нервничали из-за затягивания переговоров, перестали верить в их успех и, отчаявшись, были способны убить всех заложников.

На 19-й день голландцы приняли решение ввести в действие ББЕ, поскольку дальнейшая затяжка времени только ухудшит ситуацию. Атаку назначили на следующее утро — 11 июня 1977 г. Ночью, используя специальные очки ночного видения, десять групп по пять человек в каждой скрытно приблизились к поезду и заняли исходные позиции. Поезд был оккупирован уже почти 3 недели, поэтому жизнь заложников как-то стабилизировалась: ведь людям необходимо есть и спать. Это и использовали для выбора времени атаки. Известно, что к утру у человека наступает самая глубокая фаза сна и, будучи вырванным из нее, он не сразу приходит в себя. Кроме того, у проснувшегося на рассвете вначале создается впечатление, что вокруг довольно темно. Напротив, внешний наблюдатель видит в это время гораздо лучше. Из сообщений информаторов, которые в качестве персонала Красного Креста доставляли в поезд еду, полиция знала численность террористов. Электронные приборы подтвердили эти данные и показали размещение молукцев. В 4.50 снайперы направили прицелы своих винтовок на окна вагонов: до времени "X" осталось 180 секунд.

В 4.53 из-за горизонта выскочили 6 истребителейштурмовиков Ф-104 Старфайтер голландских ВВС и с оглушающим грохотом пролетели на небольшой высоте над поездом. Перепуганные заложники непроизвольно наклонились и закрыли головы руками, а террористы подняли головы, глядя на потолок. Именно этого и добивались. В ту самую секунду, когда первый Старфайтер пролетал над поездом, трое коммандос привели в действие взрывные заряды, которые мгновенно вырвали наружу двери вагонов. Еще не стих гул самолетных двигателей, а солдаты ББЕ уже ворвались внутрь, стреляя из своих «Узи». Дополнительный эффект создавали очереди из пулеметов МАГ, которые группа прикрытия дала в направлении электровоза. К сожалению, повторилась ситуация в Энтеббе: несмотря на предостерегающие окрики солдат, передаваемые через мощные мегафоны, двое заложников, в том числе одна женщина, вскочили на ноги и погибли на месте. Погибли 6 террористов, 3 сдались. Последний успел выстрелить в заложника, но, к счастью, только ранил его.