Освобождение 151 заложника 30 сентября Иди Амин с большим шумом объявил своим личным успехом в переговорах с террористами, что было сплошной ложью. Тем не менее, подогревая его самолюбие, израильтяне делали вид, что верят ему и всецело полагаются на его посредничество. Такой ход позволил отодвинуть срок окончания ультиматума и завершить подготовку рискованной операции, 3-го июля в 14.00 кабинет министров Израиля принял окончательное решение о начале операции. В 15.00 в воздух поднялась группа самолетов: четыре «Геркулеса С-130» и два «Боинга-707». В «Геркулесах» летели коммандос и их автомашины. Первый «Боинг» вез штаб и центр связи — он должен был все время находиться в воздухе и оттуда координировать действия отдельных групп. Второй «Боинг», оборудованный как летающий госпиталь с медицинским персоналом на борту, стартовал два часа спустя.
В полной радиотишине эскадра пролетела над водами Красного моря, затем снизилась и низко над землей преодолела территории Эфиопии и Кении (которая, кстати, согласилась на перелет). Над озером Виктория самолеты выполнили поворот и в 23.01 (по другим источникам в 0.21) первый транспортный самолет коснулся колесами посадочной полосы в Энтеббе. Перед приземлением была пущена в ход дезинформация: на аэродром направляется самолет из Израиля с освобожденными палестинцами, как того хотели террористы. Этого известия хватило, чтобы вызвать временное замешательство и ослабить на несколько драгоценных минут бдительность похитителей и угандийских солдат. Самолет еще не затормозил, а из грузового люка начали выезжать джипы с коммандос. С этого момента в их распоряжении было не более 55 минут — время для прибытия крупных подкреплений из Кампалы. За первым «Геркулесом» приземлился следующий, а за ним на боковой полосе — два остальных. После приземления первого был пущен в ход еще один трюк. Из самолета выехал сверкающий черный мерседес, во всех деталях напоминающий личный лимузин Иди Амина. Эту машину прекрасно знали по всей Уганде. Ожидалось, что его точная копия вызовет типичную панику при появлении главы правительства.
Две группы коммандос молниеносно заняли позиции на взлетной полосе, а мерседес и два джипа двинулись к терминалу здания аэропорта. Здесь они затормозили перед угандийским сторожевым постом.
С этого момента события разворачивались в бешеном темпе. При виде «аминовского» мерседеса оба часовых, разумеется остолбенели, но оказались людьми сообразительными: взгляд на едущие за лимузином джипы — верно, как и говорилось, везут палестинцев. Боевики из ООП одеваются так. Но почему они все вооружены? Угандийцы схватились за оружие, однако затратили на колебания несколько ценных секунд. Из передних и боковых окон мерседеса прозвучали выстрелы — это полковник «Иони» и сидящий за рулем коммандос стреляют в часовых из пистолетов «Беретта» с глушителями. Однако оба — очень хорошие стрелки — промазали! Первый из угандийцев бросается наутек. Короткая серия из пулемета ФН МАГ, смонтированного на первом джипе, косит второго часового. Коммандос из «Миткаль» во главе с майором Ботцером выскакивают из машин и бегом бросаются к главному входу терминала, откуда их обстреливают оповещенные первыми выстрелами террористы. Солдаты вбегают внутрь здания и под гул выстрелов кричат заложникам на английском и иврите: «Израильская армия! Ложитесь! Ложитесь!»