По данным на 1722 г., духовенству принадлежала ^>1/_>5 всех крестьян страны. Монастырские вотчины были разделены на две категории – «определённые», доход с которых поступал на нужды монастыря, и «заопределённые», управляемые агентами Монастырского приказа, доход с которых поступал в казну. Тем самым была осуществлена частичная секуляризация церковных владений, т. е. передача их и доходов с них в управление светского учреждения.

Обнаружив сомнительную преданность Стефана Яворского преобразованиям, Пётр занялся поисками подлинного соратника в осуществлении церковной реформы. Он обрёл его в лице Феофана Прокоповича, запомнившегося ему по речи, которую произнёс проповедник в Софийском соборе в Киеве по случаю Полтавской победы. В проповеди Прокопович восхвалял преобразования, преобразователя и полководца, одержавшего блистательную победу.

В 1716 г. Пётр вызвал Прокоповича из Киева в Петербург и использовал его блестящие способности оратора, публициста, законодателя и писателя для прославления преобразований. Перу Прокоповича принадлежат важнейшие законодательные акты, среди которых особое место занимает регламент Духовной коллегии. Этот документ примечателен тем, что призывал блюсти чистоту веры, бороться с раскольниками не суровыми репрессиями, а распространением образования, попечением о школах и богадельнях при монастырях. Духовный регламентзнаменит прежде всего обоснованием преимуществ коллегиального управления над единоличным.

Синод. В 1721 г. духовное ведомство наконец обрело высшее учреждение, сменившее местоблюстителя патриаршего престола – Духовную коллегию, переименованную в Синод. Членов Синода назначал царь, они были приравнены к чиновникам прочих светских учреждений: получали из казны жалованье, приносили присягу на верность государю и обязывались безоговорочно выполнять все его повеления. Церковным иерархам предписывалось «в мирские дела и обряды не входить ни для чего». Как и в Сенате, в Синоде присутствовало «око государево» – обер-прокурор, светское лицо, надзиравшее за его деятельностью.

В итоге церковной реформы Синод превратился в обычное правительственное учреждение, в котором заседали чиновники в рясах. И хотя он, подобно Сенату, назывался Правительствующим, его компетенция была значительно скромнее сенатской и распространялась только на дела веры.

Президентом Синода Пётр оставил престарелого местоблюстителя патриаршего престола Стефана Яворского, уже неспособного выполнять свои обязанности; к тому же через год он умер. Фактическим руководителем Синода был его вице-президент Феофан Прокопович.

Церковная реформа расширила обязанности духовенства. Монахов Пётр называл тунеядцами и требовал от них службы государству: содержания школ, богаделен, занятий ремёслами.

Частичной секуляризацией владений духовенства и превращением церкви в послушное орудие государственной власти не исчерпывается содержание церковной реформы. Третье её следствие состояло в некоторой «секуляризации мысли», в проникновении светских воззрений в церковную жизнь. Свидетельством частичного освобождения общественной мысли от церковной идеологии является отказ правительства от средневековых преследований еретиков. На смену слепой непримиримости к инакомыслящим пришло некоторое ослабление религиозных гонений, известная веротерпимость.