Как бы там ни было, вскоре лишившаяся лидера ленинградская группировка стала объектом преследования конкурентами.
25 декабря 1948 года в Ленинграде состоялась X областная и VIII городская объединенная партийная конференция, в конце которой и состоялись выборы секретарей обкома и горкома ВКП(б). В первых числах января 1949 года в ЦК ВКП(б) на имя Сталина поступило анонимное письмо, в котором говорилось, что выборы были сфальсифицированы, подсчет голосов велся с нарушением, во многих бюллетенях фамилии руководителей были вычеркнуты. Сточки зрения партийной морали это было преступлением.
Сталин вызвал куратора Отдела партийных органов Маленкова и дал указание разобраться. 10–12 января 1949 года Комиссия партийного контроля при ЦК ВКП(б) провела проверку, которая выявила факт фальсификации. В тот же день первый секретарь Ленинградского обкома П. С. Попков был вызван в Москву на заседание Политбюро.
Кроме того, МГБ зафиксировало разговоры на квартире секретаря ЦК Кузнецова с председателем правительства РСФСР М. И. Родионовым и П. С. Попковым о бедственном положении Российской Федерации и о желательности создать Компартию РСФСР.
Одновременно с этим Сталину было доложено, что ленинградское руководство без согласования с Советом Министров СССР и Политбюро провело в Ленинграде Всероссийскую торговую оптовую ярмарку, которая по неизвестной причине получила статус Всесоюзной. Выяснилось, что все вопросы проведения ярмарки, в том числе вывоз товаров со складов, Попков и Лазутин согласовали с председателем правительства РСФСР М. И. Родионовым и председателем Госплана СССР H. A. Вознесенским, минуя Совет Министров СССР, председателем которого был И. В. Сталин.
Формально это могло показаться просто нарушением субординации. 14 октября 1948 года Бюро Совета Министров СССР рассмотрело вопрос о разработке мероприятий по реализации остатков товаров народного потребления на сумму 5 миллиардов рублей, скопившихся на складах Министерства торговли СССР. Было принято постановление об организации в декабре того же года межобластных оптовых ярмарок для реализации этих остатков и дано разрешение на их вывоз. Однако на самом деле была проведена в Ленинграде с 10 по 20 января 1949 года Всероссийская оптовая ярмарка с участием торговых организаций союзных республик. Кузнецов, Родионов и Попков не только не получили разрешения на ее проведение, но и не поставили ЦК и Политбюро в известность о предстоящей ярмарке. Налицо было превышение должностных полномочий целой группой высших партийных и государственных работников, их сговор. Ленинградские руководители и Родионов напрямую вышли на союзные республики, минуя Центр, создав до сих пор небывалую управленческую коллизию и опасный прецедент. Кроме того, устроители ярмарки не смогли толком реализовать продовольственные товары, свезенные в Ленинград со всей страны, что привело к их порче и ущербу в четыре миллиарда рублей. Нелишне напомнить, что именно в этот период колоссальные средства были направлены на восстановление народного хозяйства и создание атомного оружия.