Бурные споры развернулись среди ученых вокруг происхождения как самого мумие, так и его названия. Одни ученые считают, что оно связано с мумифицированием трупов в Древнем Египте. Из дошедших до нас древних прописей явствует, что при бальзамировании пользовались смесями мумие с медом, луком, чесноком, одуванчиком или эвкалиптовым маслом. Следовательно, название мумие произошло от слова мумия. Однако большинство ученых придерживается иного мнения, полагая, что это слово греческое, означающее в переводе — «сохраняющее или защищающее тело».

Позднее в связи с широким распространением мумие на Востоке как популярного лечебного средства возникла другая гипотеза о происхождении его названия. Некоторые среднеазиатские ученые (Бируни, Мухаммед Хуссейн Ширази, Гияседон) полагают, что слово мумие не греческое, а иранское (мум — это воск). Такая гипотеза заслуживает внимания. Так, в Иране издавна добывали мумие в горных пещерах. Для его сбора разжигали в пещерах возле трещин костры. Растапливаясь от огня, оно застывало и образовывало на камнях плотную корку, которую затем счищали.

Были и другие способы добычи этого лечебного средства. В пещерах делали углубления вроде колодца, которое прикрывали каменной плитой. Раз в году ее сдвигали, оставляя лишь щель, в которую мог пролезть человек. Его привязывали за пояс веревкой и опускали в колодец с водой. Ее поверхность была покрыта маслянистой пленкой, а на стенках колодца образовывалась плотная чешуя мумие. Содержимое колодца извлекали и кипятили в котле. По своим физическим свойствам оно, в частности по мягкости и плавкости, действительно сходно с воском.

Немало разных догадок высказывалось учеными на протяжении веков и о причинах образования мумие в горах. Арабы называли его аркулджибал — горный пот, монголы — бракшун — сок скалы, бирманцы — чиотуй — кровь горы, киргизы — архар-таш — бальзам гор. Мухаммед Хуссейн Ширази и Ибн Сина считали мумие горным воском, Бируни — горной смолой. В пользу его минерального происхождения высказывались и некоторые другие ученые Востока. Они считали, что мумие образуется из паров, которые поднимаются вверх по расщелинам скал и засыхают под действием высокой температуры окружающего воздуха. Летом, по их мнению, эта масса растапливается солнцем и просачивается сквозь горные трещины, образуя в пещерах сосульки и натеки.

Большинство современных ученых считают мумие минералом или нефтеподобным веществом. Одни утверждают, что оно образовалось из экскрементов и выделений животных, другие полагают, что мумие «родилось» в пчелиных ульях, третьи приписывают ему растительное происхождение, в частности, что оно выделяется из надрезов и ран на стволах тутовника и арчи.(можжевельника) и стекает на землю. Смытый дождями сок попадает в почву и уносится грунтовыми водами в горы. Когда вода испаряется, на стенках пустот остается смолоподобная масса.

Однако все современные ученые сходятся на том, что образование мумие в пещерах протекает либо при полном отсутствии кислорода, либо при малом его доступе. Доказательством тому служат попытки расширить трещины в скалах с целью увеличения его выделения, приведшие к уменьшению образования мумие.