Посвятив себя медицине, Парацельс смело вступает в бой с укоренившимися воззрениями, унаследованными медиками от прежних эпох. Отрицая авторитет Гиппократа, Галена, Авиценны — общепризнанных столпов медицины, — он создает свою систему, которая одновременно является, по существу, и его философским мировоззрением. Он впервые стремится найти взаимосвязь различных наук, считая, что все они должны быть подчинены задачам лечения людей от недугов.

В наш век тесное взаимодействие разных отраслей науки, прочная дружба физики, химии, биологии — основа развития медицины (так же, как и всего технического прогресса). Статьи Парацельса, в которых он подчиняет медицине тогдашние основные науки: теологию, философию, астрономию и алхимию, вызывали бурю гнева.

В основу знаний Парацельс ставит не схоластические рассуждения, а опыт. «Никто не может стать врачом без науки и опыта», — пишет он в одном из своих трудов.

Развивая свои взгляды на медицинскую науку и ее задачи, Парацельс заявляет, что лекарства — это волшебные стрелы, поражающие болезнь. Искать их, однако, нужно не в духовном мире, а в дарах природы — растениях, минералах, животных.

Медики давно наряду с лекарственными растениями пользовались препаратами из животных тканей. Ведь животный мир гораздо богаче растительного. Зоологи насчитывают теперь свыше 100 тысяч видов моллюсков, 30 тысяч паукообразных, 20 тысяч червей. Однако собирать в старину животное сырье было труднее растительного, и потому при изготовлении медицинских препаратов им пользовались значительно реже.

Получали в древности некоторые лечебные препараты и из минералов. Например, в Риме и Греции врачи широко использовали соединения ртути, мышьяка, сурьмы.

Сохранилось предание, будто монгольский хан Тамерлан, завоевав Иран в XIV веке, пощадил Тавриз только потому, что городские лекари ртутной мазью избавили его воинов от насекомых.

Однако применение лекарств из минерального сырья носило лишь случайный характер. Парацельс впервые высказал мысль о том, что все процессы, совершающиеся в человеческом и животном организмах, — сложные химические превращения, а следовательно, основной целью химии должно быть приготовление лекарств. Его высказывания были подобны разорвавшейся бомбе. Они вызвали бурное негодование среди медиков и алхимиков. Вокруг взглядов Парацельса развернулась упорная борьба. Противники даже после его смерти отвергали мысль о плодотворности содружества медицины с химией.

Рассматривая болезни как результат нарушения химических процессов в организме, Парацельс все же остается в плену алхимических воззрений своего времени. Он считает, что основными составными частями (компонентами) нашего организма являются сера, ртуть и соли; их гармоническое сочетание — залог здоровья, нарушение же установившегося равновесия приводит к болезни. «Если количество серы в организме, — говорил он, — увеличится, человек заболевает лихорадкой, преобладание солей порождает водянку». Отсюда он делает вывод, что каждую болезнь надо лечить особым лекарством, например, водянку — серой, солями железа, желудочно-кишечные заболевания — опием. Парацельс разделял и учение о сигнатурах, считая, подобно другим средневековым врачам, что природа отмечает лекарства определенными знаками, которые могут служить путеводной нитью при лечении болезней.