Несмотря на отношения вертикальной интеграции, производственные звенья могут различаться по своей структуре, технологии и управлению. Например, производство первичного металла и изделий из него имеет коренные особенности технологии и сбыта: первое отличается чрезвычайной капиталоемкостью, второе менее капиталоемко, но требует строгого контроля над производственными процессами и большего внимания к обслуживанию и маркетингу, организованным на децентрализованных началах. Организация управления столь различным бизнесом может вылиться в значительные издержки интеграции и внести существенный элемент риска в такое решение[125]. В своей крайней форме эта проблема выражается в том, что менеджмент, способный эффективно управлять одним из элементов вертикальной цепи, вполне может оказаться неспособным к управлению другим. Таким образом, для вертикально интегрированных видов бизнеса стандартные управленческие подходы и единые представления могут быть непродуктивны.

Тем не менее можно наблюдать тенденцию рассмотрения вертикально взаимосвязанных видов бизнеса как идентичных с точки зрения менеджмента. Организационная структура, методы контроля, стимулы, процедуры принятия инвестиционных решений и многие другие методы управления могут быть механически перенесены из основного бизнеса в предшествующее или последующее звено производства. Аналогичным образом правила и решения, выработанные в процессе функционирования основного бизнеса, могут быть применены в интегрируемом бизнесе. Такая тенденция применения единых управленческих подходов к различным элементам производственной цепи представляет еще один риск интеграции.

При оценке стратегических выгод и издержек вертикальной интеграции необходимо исследовать их с точки зрения не только текущих условий, но и вероятных будущих изменений в структуре отрасли. Например, различные виды экономии, получаемой за счет интеграции, могут быть небольшими на начальных этапах, но значительно возрастать в процессе эволюции отрасли. Или рост отрасли и соответствующий рост компании может означать скорое появление возможности создания внутреннего подразделения эффективного масштаба. Или замедление технологического развития может снизить риск привязки к внутреннему поставщику.