Нарушение баланса между звеньями вертикально интегрированного производства происходит по различным причинам. Эффективное приращение мощности звеньев, как правило, осуществляется неравномерно, что создает временный дисбаланс даже в условиях растущего рынка. Изменение технологии и процессов производства в одном звене может фактически увеличить его мощность относительно другого. Сдвиги в структуре продукции и ее качестве могут вызвать неравномерные изменения фактической мощности звеньев производства. Риск дисбаланса будет зависеть от вероятности этих явлений.

Вертикальная интеграция означает, что покупка и продажа осуществляются путем внутренних операций. При этом для предшествующего звена внутренняя продажа не содержит стимулов конкуренции, а последующему звену при покупке нет необходимости вести сложные переговоры с внешними поставщиками. Таким образом, внутренние операции могут снизить стимулирование. Это связано также с тем обстоятельством, что внутренние проекты расширения мощности или внутренние контракты на покупку или продажу зачастую не являются объектами столь тщательного анализа, как внешние контракты с поставщиками или потребителями.

Последствия ослабления стимулов с точки зрения результатов функционирования вертикально интегрированной фирмы зависят от структуры управления и процедур, регулирующих взаимоотношения между подразделениями вертикальной цепи. Нередко можно встретить внутрифирменные положения, дающие право менеджерам использовать внешние источники или продавать на сторону, если собственные подразделения неконкурентоспособны. Однако одного лишь принятия таких процедур недостаточно. Использование внешнего источника вместо внутреннего часто возлагает на менеджера подразделения бремя доказательства его правомерности перед высшим руководством; большинство менеджеров посчитали бы за благо избежать контактов с высшим руководством по таким вопросам. В любой организации присутствуют чувства справедливости и товарищества, которые могут затруднить обращение к открытому рынку, особенно если то или иное подразделение испытывает падение прибыльности или иные серьезные трудности. Однако именно в этом случае больше всего необходимы рыночные связи.

Такие осложнения ведут к проблеме «гнилого яблока». Если предшествующее или последующее звено больно (со стратегической или иной точки зрения), оно, вероятно, заразит и здорового партнера. Одно подразделение будет вынуждено или добровольно попытается спасти другое, снизив трансфертную цену приобретения или согласившись на поставку более дорогого или худшего по качеству продукта. Такая ситуация может быть стратегически опасной для здорового подразделения. Если корпорация намерена помочь находящемуся в сложном положении подразделению, это лучше сделать с помощью прямого субсидирования или иной централизованной поддержки, а не косвенно за счет смежного подразделения. Но и в том случае, когда высшее руководство учитывает это, человеческая природа не позволяет здоровому подразделению безжалостно отнестись к больному (хотя иногда это случается), и, таким образом, болезнь может распространиться.