Стиль икон не оставляет сомнения в их местном северном происхождении. Они близки иконам из Успенского собора города Белозерска, которые датируются серединой XVI века. Их стилистическая близость позволяет предполагать, что они могли быть созданы в одной мастерской.
Прототипами для таких деисусов, как в церкви Иоанна Лествичника и Успенском соборе Белозерска, стали распространенные в Византии и получившие популярность на Руси полуфигурные деисусы. Один из них в XIV веке был привезен из Византии в Высоцкий монастырь под Серпуховом. С византийских икон делались многочисленные копии - "списки". Специалисты считают, что под влиянием этих икон Андрей Рублев создал для собора в Звенигороде свой знаменитый "звенигородский чин", украшающий сейчас коллекцию Третьяковской галереи. Этот особый иконографический вариант отличается от византийского. Оба варианта - и византийский, и рублевский - получили чрезвычайное распространение на Руси в XV-XVI веках в многочисленных повторениях. Однако с течением времени в новых иконах стирались черты близости к прототипам. Ценность кирилловского и белозерского деисусов еще и в том, что они гораздо определеннее, чем другие ансамбли, сохранили связь: первый - с иконографией византийского деисуса, второй - с его русским вариантом - "звенигородским чином" Рублева.
До начала реставрационных работ из внутреннего убранства церкви внимание специалистов привлекали только богато украшенные замысловатой резьбой позолоченные царские врата со створками, сплошь покрытыми ветками крупных спиральных побегов и характерными пальметтами с желобчатыми листьями. На центральном валике и в обрамлении филенок много других измельченных и дробных орнаментальных сеток не слишком удачно согласованных по размеру. При своей пышности и замысловатости эти врата все-таки уступают близким по мотиву резьбы вратам из церкви Сергия, которые отличаются изысканным лаконизмом орнаментальной композиции.
Восстановление убранства еще не закончено, но уже и сейчас церковь Иоанна Лествичника дает представление о настоящей красоте интерьера русского храма, не тронутого поздним мишурным украшательством.
Одновременно с церковью Иоанна Лествичника или несколько раньше взамен прежней Казенной кельи выстроили новое здание Казенной палаты, гораздо больших размеров, чем прежнее. Это здание, примкнувшее к западной стене древней палаты, представляло в плане вытянутый прямоугольник. По его продольной оси проходила аркада, опиравшаяся на два столба и на торцовые стены. С боковых стен к аркаде были переброшены коробовые своды. По стенам здания, чередуясь с окнами располагалось в два яруса множество ниш, служивших для размещения хранившегося в казне имущества. Сохранившиеся в стенах гнезда от балок указывают на то, что внутреннее помещение разделялось на два яруса деревянным настилом.
Архитектурные формы этого здания были довольно просты. Единственным украшением служила проходившая по верху стен полоса узорчатой кладки с включением балясника, напоминающего пояса Успенского собора.