Фасады больничных палат декорированы чрезвычайно скупо. Вытянутый приземистый объем здания, перекрытый пологой двускатной кровлей, вызывает ассоциации с северными избами. Здание поражает грандиозностью и какой-то особой суровой простотой.
Через два года после строительства палат, в 1646 году построена церковь Евфимия. Основной куб ее с алтарной апсидой до мельчайших деталей повторяет Епифаниевскую церковь. Но вместо перекрытия храма системой ступенчато-повышающихся арочек строители применили здесь каменный шатер на низеньком восьмерике. Выбор шатровой конструкции не случаен. Евфимиевская церковь - одна из ранних больничных церквей, появляющихся в русских монастырях только с середины XVII века. Первая больничная церковь Зосимы и Савватия, сооруженная в Троице-Сергиевом монастыре десятью годами раньше, была завершена стройным шатром, и церковь Евфимия, при всем отличии ее архитектуры, восприняла общую схему своего прототипа.
Первоначально шатер церкви Евфимия открывался внутрь храма, но уже к середине XVIII века его отделили от внутреннего пространства низким сводом. Прежде стены церкви увенчивались кокошниками, а в основании шатра было помещено еще по два маленьких кокошника, как это сделано и у церкви Зосимы и Савватия. Ребра шатра подчеркивали узкие кирпичные гурты. Однако уже к середине XVIII века покрытие церкви изменилось, получив вместо кокошников гладкую тесовую палицу. Шатер при этом обили поливной черепицей зелено-коричневых тонов, скрывшей и гурты, и маленькие кокошники под шатром. Черепичная кровля простояла до середины XIX века.
Первоначально деисус на 11 досках для иконостаса Евфимиевской церкви написал довольно известный вологодский художник Терентий Фомин в 1640-1650 годах. Он не раз по государеву повелению вызывался для работы в Архангельский собор в Москву, в село Коломенское и в другие монастыри. Иконы Фомина не сохранились. В конце XVIII века тябловый иконостас в этой церкви заменили резным, вероятно, также вологодской работы, поскольку в технике исполнения резьбы и в рисунке ее фрагментов много общего с иконостасами из церквей Иоанна Предтечи и Владимира. Пять местных икон неплохого качества для нового иконостаса написал в 1790 году крестьянин Вязниковской округи деревни Ковшово Иван Васильев. Праздничные иконы овальной формы принадлежат руке другого мастера. Кроме икон, специально написанных для иконостаса, в нем теперь много икон случайных и слабых по исполнению, помещенных, по-видимому, совсем поздно.
С южной стороны к церкви примыкает невысокая пристройка, сооруженная одновременно с самой церковью - трапезная. Над западной стеной трапезной возвышается небольшая настенная звонница на двух столбах, несколько напоминающая звонницы, сохранившиеся в Пскове и Новгороде, хотя этот тип звонниц бытовал некогда и в Москве. Трапезная соединялась переходами с сенями больничных палат. Сейчас церковь реставрирована, но на ее шатре в целях лучшего сохранения оставлена металлическая кровля.
К группе культовых сооружений монастыря принадлежит также монастырская колокольня. Уже в XVI веке звонница над церковью Гавриила оказалась тесна для размещения колоколов, и вплотную к ее западному фасаду возвели отдельное здание "колокольницы" "о трех верхах". Позднее она перестраивалась. На иконе 1741 года колокольня изображена уже с одним невысоким шатром. Она находилась на том же месте, что и сейчас, между церквами Введения и Гавриила, и простояла до 1750-х годов, когда ее разобрали "за ветхостью". Строительство новой колокольни, вместе с разборкой старой, продолжалось с 1757 по 1761 год, руководил им каменщик вологодского Спасо-Прилуцкого монастыря Федор Жуков. Архитектурные формы колокольни очень характерны для церковного строительства северных провинций России середины XVIII века. В них получили своеобразное сочетание традиции русского каменного зодчества XVII столетия и новые элементы архитектуры барокко, трактованные по-своему и часто наивно. Наиболее интересные памятники этого направления, поражающие фантазией и декоративным размахом, сохранились к Великом Устюге, Тотьме, Соликамске и других северных городах.