В дни работы второй сессии собора папа пообещал реформировать курию, наделить большими правами местные епископаты. Он выражал стремление идти в ногу со временем, но не опережая событий, не вырываясь вперед. Ближе всего ему была позиция умеренных обновленцев, представлявших церковную иерархию развитых капиталистических стран.

В результате работы второй сессии собора был принят лишь один документ — конституция «О святой литургии». Главным новшеством, вытекавшим из этого документа, было разрешение проводить богослужение не на латыни, а на национальных языках. Была упрощена сама процедура богослужения, и оно стало приблизительно вдвое короче. Собор рекомендовал строить католические храмы без излишеств, в «функциональном стиле».

Третья сессия собора прошла осенью 1964 г. На ней были приняты догматическая конституция «О церкви» и три декрета — «О миссионерской деятельности», «О восточных католических церквах» и «Об экуменизме».

Конституцией «О церкви» учреждались национальные епископские конференции, решения которых хоть и требуют санкции Ватикана, но принимаются самостоятельно, с учетом конкретных условий той или иной страны.

В перерыве между третьей и четвертой сессиями собора Павел VI создал в системе римской курии секретариат по делам неверующих для осуществления контактов с атеистами.

В сентябре 1965 г. открылась последняя сессия собора. Вскоре после ее открытия папа официально сообщил об учреждении постоянно действующего при папе синода епископов, в котором представлены все национальные епископаты. Это в какой-то степени ограничило всевластие курии и влияние кардинальской коллегии.

Из документов, принятых четвертой сессией, наиболее значимым является пастырская конституция «О церкви в современном мире», в которой выражена точка зрения церкви на острейшие проблемы современности. В ней осуждается война, гонка вооружений, применение атомного оружия и выдвигается в качестве одной из главных задач человечества обеспечение мира на земле.

Кроме того, конституция признает законность не только частной, но и государственной и общественной собственности, допуская за «справедливую компенсацию» передачу частной собственности в руки государства. В основном трактовка конституцией социальных вопросов не выходит за рамки буржуазного реформизма, хотя в этом документе подчеркивается, что церковь «не считает себя связанной с какой-либо политической, экономической или социальной системой».

В этой конституции церковь впервые признала не только необходимость диалога между верующими и неверующими, но и сотрудничество между ними в достижении более справедливых условий жизни людей.

Одним из знаменательных актов, вытекавших из решений II Ватиканского собора, была реорганизация конгрегации священной канцелярии (инквизиции). В день закрытия собора, 7 декабря 1965 г., был опубликован папский декрет, изменявший название священной канцелярии на конгрегацию по вопросам вероучения, а 14 июня 1966 г. был упразднен «Индекс запрещенных книг».

С завершением II Ватиканского собора борьба между обновленцами и церковными консерваторами (интегристами) переместилась в национальные епископаты. Особенно острый характер эти конфликты носили в странах Латинской Америки, где все более широкие массы трудящихся, студенчества, средних слоев вливались в антиимпериалистическое движение. Следует ли удивляться, что идеи национально-освободительной борьбы нашли отклик и в рядах духовенства, в среде которого пробудился активный интерес к социальным переменам. В церковных кругах заговорили о «теологии революции», «теологии освобождения» и даже о «теологии партизанской борьбы». В странах Латинской Америки стали появляться священники-революционеры, призывавшие бороться с реакцией и империализмом не только листовками, но и оружием.