Однако на первых порах Иоанн XXIII, по-видимому, решил ничего не менять в политическом курсе Ватикана. 25 марта 1959 г. конгрегация священной канцелярии опубликовала декрет, который вновь запрещал католикам контактировать с марксистами, голосовать за коммунистов или лиц, сотрудничающих с ними. Папа занялся наведением порядка в курии. Он стал быстро назначать новых кардиналов и довел их число до установленного в 1586 г. максимума в 70 человек. Среди новоиспеченных «пурпуроносцев» можно было встретить церковников самых разных политических ориентаций и разного цвета кожи. Впервые кардинальскую шапку получили африканец, японец и филиппинец.

Первые тревожные для реакционеров симптомы в поведении папы появились лишь тогда, когда Иоанн XXIII стал удалять с руководящих постов в курии ярых антикоммунистов.

1 января 1959 г. революционные силы Кубы после двухлетних кровавых боев свергли тиранический режим ставленника американских монополий Батисты. Власть на Кубе перешла в руки трудящихся. Католическая иерархия открыто встала на сторону империалистических сил. Епископы осуждали действия правительства Фиделя Кастро и призывали верующих оказать самое решительное сопротивление проводимым мероприятиям. Кубинские контрреволюционеры, нашедшие приют за рубежом, и их империалистические покровители потребовали от Иоанна XXIII порвать дипломатические отношения с Кубой и отлучить Фиделя Кастро от церкви. Папа отказался встать на путь осуждения кубинской революции, несмотря на огромное давление, которое оказывали на него международная реакция и консервативные круги в самой церкви. Ни в одном из своих выступлений или высказываний Иоанн XXIII не осудил революционную Кубу, ее руководителей, ее внешнюю или внутреннюю политику.

25 января 1959 г. папа объявил о своем решении созвать в ближайшее время вселенский собор. Иоанн XXIII выразил надежду, что в нем примут участие и все «отделившиеся церкви», чтобы попытаться вновь обрести единство. Другой задачей собора папа объявил осуществление реформы Кодекса канонического права, который является высшим законодательным актом католической церкви. Какие цели должна была преследовать такая реформа, папа не уточнил. Вселенские соборы созывались всегда в особо критические моменты истории церкви и несли на себе печать реформаторских устремлений. Созыв собора, таким образом, был равносилен признанию, что католическая церковь пребывает в состоянии кризиса и необходимо наметить пути выхода из него.

Многие зарубежные иерархи с оптимизмом и надеждой восприняли идею собора, а церковные деятели «третьего мира» отнеслись к ней с большим энтузиазмом.

Тех, кто был за собор, за реформы, за перемены в церкви, стали называть обновленцами. Как правило, это были представители стран, где церковь теряла свои позиции, свое влияние, свой авторитет. Такие процессы наблюдались в большинстве стран Европы, но особенно они давали себя знать в развивающихся странах. Большинство духовенства в этих странах считало, что следует отказаться от курса Пия XII, то есть оголтелого антикоммунизма и защиты интересов правящих кругов ведущих империалистических держав, что церковь должна найти в себе силы, чтобы оторваться от своих традиционных политических и социальных привязанностей, поддержать общее стремление к прогрессивным социальным преобразованиям, попытаться найти способ сосуществования с социалистическим миром, приобщиться к новшествам XX в., обновиться внутренне и внешне. Церковные иерархи, придерживавшиеся подобных взглядов, стали на соборе опорой обновленческого курса.