Руководя подготовкой к собору, папа в то же время готовил свою первую энциклику, которая была посвящена социальным проблемам. Она была опубликована 15 мая 1961 г. и называлась «Матер эт магистра» («Мать и наставница»).

Наиболее радикальный раздел энциклики посвящен отношениям между развитыми и слаборазвитыми странами. В нем содержится недвусмысленное осуждение неоколониализма. Это был явный реверанс в сторону народов, бросивших с себя колониальный гнет. Папа желал показать им, что католическая церковь порывает свои традиционные связи с колонизаторами.

Другой важной особенностью энциклики было то, что в ней не содержалось прямых выпадов против коммунизма. Более того, энциклика, правда с оговорками, разрешала католикам «вступать в отношения с лицами, имеющими другие взгляды на жизнь». Под такими лицами подразумевались коммунисты.

Почти три года длилась подготовка к собору. 11 сентября 1962 г. в соборе св. Петра в торжественной обстановке открылась первая его сессия. Собор получил название II Ватиканского. Для участия в нем съехались 2692 церковных иерарха со всего мира. На открытии собора присутствовали 86 официальных делегаций из различных стран и от разных международных организаций. 8 декабря первая сессия собора закончила свою работу. Был объявлен перерыв до сентября 1963 г.

Хотя на первой сессии собора не было принято ни одного документа, сам ход соборной дискуссии показал, что церковные консерваторы находятся в меньшинстве и вынуждены сдавать обновленцам одну позицию за другой. Но это было только начало длительной и упорной борьбы между двумя противоборствующими течениями в лоне церкви.

Прогрессивная печать в целом оценивала результаты первой сессии собора как известный отход от традиционной ультраправой ориентации католической церкви. Дебаты на соборе показывали, что большинство церковных иерархов отвергает политику отлучений и анафем в адрес коммунистов и высказывается за конструктивный диалог с ними в интересах укрепления мира и борьбы за социальный прогресс.

10 апреля 1963 г. была опубликована вторая энциклика Иоанна XXIII «Пацем ин террис» («Мир на земле»). Она была обращена не только к духовенству и верующим, но ко всем людям доброй воли. В ней Иоанн XXIII выступил с осуждением гонки вооружений, за всеобщее и полное разоружение, за запрещение атомного оружия, за политику мирного сосуществования без каких-либо ограничений.

Вместе с тем энциклика предостерегала от излишнего рвения в стремлениях восстановить социальную справедливость, ибо это якобы может привести «на путь революции».

В разгар подготовки ко второй сессии собора Иоанн XXIII заболел и 3 июня 1963 г. скончался. Его преемником, избранным на папский престол 21 июня того же года, оказался архиепископ Милана кардинал Джованни Баттиста Монтини, назвавшийся Павлом VI.

Главной его заботой было продолжение и благополучное завершение II Ватиканского собора, следующая сессия которого открылась 29 сентября 1963 г. Выступая на ее открытии, Павел VI поставил перед «соборными отцами» четыре задачи: глубоко изучить состояние церковных дел, реформировать и внутренне обновить церковь, способствовать единению христиан и начать «диалог с миром», их окружающим. Все это было созвучно программе обновленцев.