Средняя наработка на отказ оборудования МиГ-21ПФ составляла от 5 до 7 ч, хотя по требованию ОТТ ВВС должна была быть не менее 8 ч. В 98% случаев отказов виновником были конструктивно-производственные недостатки. Если рассматривать распределение неисправностей по системам, то 40% всех случаев приходилось на РЭО и 25% на планер (шасси и гидросистема). Частыми и массовыми были случаи преждевременного износа тормозных дисков, износа и разрушения покрышек, негерметичности блока цилиндров тормозов основных колес, негерметичности клапанов подключения наземных гидронасосов, фильтров, ниппельных соединений.
По двигателю наиболее частыми были: ложное срабатывание сигнализатора наличия стружки в масле (из-за плохого качества масла) и колебания частоты вращения ротора низкого давления, а также трещины и прогары форсажного диффузора и регулируемого сопла.
Если у американцев проблемы с пушкой были на этапе летных испытаний, то на МиГ-21 с ними встречались летчики серийных машин. Так при стрельбе из пушек ГШ-23 подвесной гондолы ГП-9 произошло несколько случаев разрывов боеприпасов в районе носовой части самолета из-за их ударов о газовые компенсаторы и антенны СРЗО-2. Проведенными исследованиями было установлено, что рассеивание снарядов с попаданием в опасные зоны происходило из-за несоосности стволов пушек ГШ-23 и отверстий в наклонных пластинах газовых компенсаторов. В одной из боевых частей ВВС попадание снаряда в газовый компенсатор гондолы произошло из-за горизонтального люфта пушки (6-9 мм по обрезу ствола) по причине ослабления ее фиксации в заднем узле крепления. Фактически, та же причина, что и на опытных F-104.
Абсолютные показатели аварийности у F-104A были следующими: в 1961 г. зафиксировали два летных происшествия, в 1962 г. – семь, в 1964 г. – 12, в 1965 г. 27, в 1966 г.-22.
Обычно из этого делают вывод об опасности полетов на данном типе самолетов, но для того времени это утверждение не совсем соответствует реальному положению вещей. Оказывается «Старфайтер» занимал лишь второе место по уровню аварийности среди других типов сверхзвуковых самолетов США. Лидерство прочно удерживал палубный F-8 «Крусейдер». Однако F-104 был «раскрученным брендом» и на него пресса обращала повышенное внимание, а еще один «гроб» – F-8, оставался в тени. Так, в начале эксплуатации флот потерял 44 самолета F-8, а ВВС – 43 F-104.
Что касается МиГ-21, то его абсолютные показатели мало отличались от F-104A, например, в 1961 г. зафиксировали 7 летных происшествий, в 1964 г.-25.
В относительных показателях, число летных происшествий на 100000 летных часов, «Старфайтер» уступал «Крусейдеру» F-8. У F-104 – 26,7, а у «Крусейдера» – 46,7. Нельзя обойти вниманием и еще одного американского «рекордсмена» по авариям и катастрофам – F-100. В начале своей эксплуатации он имел сначала 95 происшествий, которые удалось понизить до 38 серьезных инцидентов на 100000 ч. В худшую сторону можно отметить и «Скайхок», который почти догнал F-104 с показателем 23,4. Относительный уровень аварийности МиГ-21 составлял около 21 происшествия на 100000 ч. Это лучше чем у F-104А в американских ВВС.