26 июня 1942 г. приказом № 199 Ставки ВГК генерал Василевский был утвержден в должности начальника Генштаба. С целью повышения статуса Александра Михайловича постановлением СНК СССР от 14 октября он был назначен заместителем наркома обороны.
Итак, А. М. Василевский достиг пика своей карьеры. Он теперь стал во главе «мозга армии». Теперь ему придется нести ответственность за всю работу огромного коллектива Генерального штаба. Василевский ничего не изменил в стиле деятельности Генштаба, который сложился под руководством маршала Шапошникова. Не произошло и «перетряхивания» кадров. Работа Генштаба пошла в том же ритме и с такой же высокой степенью напряженности.
А. М. Василевский руководил Генштабом около трех лет, из которых почти два года (более 22 месяцев) провел на фронтах в роли представителя Ставки ВГК. «В тех конкретных условиях ведения вооруженной борьбы такая практика являлась, — отмечал Александр Михайлович, — я бы сказал, не только правильной, но и необходимой для Ставки и Генерального штаба, так как она позволяла при принятии окончательных решений и при разработке планов проведения операций исходить не только из данных, которые имеются в Центре, но уже в значительной мере учитывать особенности обстановки непосредственно на месте и производить на этой основе более обоснованные расчеты».
В то же время Василевский подчеркивает: «Безусловно, нельзя отрицать при этом того, что, часто выезжая на фронт и находясь там, я, как начальник Генерального штаба, не мог принимать непосредственного участия в решении всех вопросов, над которыми обязан был работать аппарат Генштаба, и лишался возможности повседневного общения с его коллективом, а следовательно, и возможности оказывать постоянную, практическую помощь в работе его управлениям и отделам. И это немало беспокоило меня, беспокоило и потому, что я остро чувствовал и воспринимал ту довольно жесткую, не дававшую каких-либо скидок требовательность, которую предъявлял ко мне Верховный Главнокомандующий почти каждый раз за те или иные упущения или промахи в работе Генерального штаба. Поэтому я, будучи в отрыве от Генерального штаба, принимал все меры к тому, чтобы обеспечить себе возможность для более эффективного руководства его работой. Учитывая порою крайне слабую укомплектованность его руководящими кадрами, вынужден был неоднократно докладывать о своем беспокойстве за Генштаб Ставке Верховного Главнокомандования. Однако И. В. Сталин несколько проще относился к этому моему беспокойству.
В отсутствие А. М. Василевского во главе Генштаба оставался военный комиссар Ф. Е. Боков, который 8 августа 1942 г. был назначен заместителем начальника Генштаба, хотя и не был подготовлен для выполнения чисто оперативных функций. Заместители начальника Генштаба генералы Н. Ф. Ватутин и П. И. Бодин, назначенные на эти должности по просьбе А. М. Василевского, вскоре, в июле, решением И. В. Сталина были направлены первый — командующим войсками Воронежского фронта, а второй — начальником штаба Сталинградского фронта. В результате Оперативное управление снова осталось без руководителя. Василевский, стремясь обеспечить бесперебойную и эффективную работу одного из важнейших управлений Генштаба, обратился к Сталину с просьбой назначить начальником Оперативного управления и первым заместителем начальника Генштаба генерал-лейтенанта А. И. Антонова, руководившего штабом Закавказского фронта.