Исходя из этого, Генштаб определял цель и замысел операций, способы их ведения, намечал этапы той или иной операции, задачи фронтов и т. д. Затем ориентировал командующих войсками о замысле стратегической операции и задачах, которые им предстояло в ней решать. В соответствии с этой ориентировкой командующие фронтами представляли в Генштаб свои соображения по наиболее эффективному, с их точки зрения, использованию своих войск, которые учитывались при окончательной отработке ее плана. Нередко в Ставке ВГК проводились совещания с участием командующих войсками фронтов, где обсуждались планы предстоящих действий.

В окончательном виде оперативная часть плана обычно оформлялась в Генштабе на карте. В других планирующих документах находили отражение все вопросы, связанные с обеспечением фронтов резервами, вооружением, боевой техникой, транспортом, материальными средствами. Особое внимание уделялось вопросам планирования очередности подвоза фронтам всего необходимого для ведения операций. После завершения отработки планов в Генеральном штабе Ставка отдавала фронтам директивы (обычно за две-три недели до начала наступления). В директивах указывались: цель операции фронта; ближайшие и дальнейшие задачи войск и сроки их выполнения; количество, состав ударных группировок и направления их ударов; разграничительные линии между фронтами; в отдельных случаях — оперативное построение войск, порядок использования подвижных войск, плотность артиллерии и др. Одновременно ставились задачи дальней авиации, Войскам ПВО, а на приморских направлениях и флоту, организовывалось взаимодействие между фронтами и стратегическими группировками, действовавшими на разных направлениях. Вся остальная работа по планированию осуществлялась командованием и штабами фронтов.

Иногда Генштабом, особенно во второй половине Великой Отечественной войны, когда линия фронта стремительно отодвигалась на запад, а наступательные действия на различных его участках или подготовка к ним велись почти непрерывно, применялся и другой метод планирования стратегических операций. Суть его состояла в том, что командующим фронтами предписывалось представить в Генштаб письменные соображения о планах операций (нередко военные советы фронтов представляли свои соображения о планах дальнейших действий и без предварительного указания Ставки). Эти планы тщательно изучались в Генштабе, докладывались Ставке, и если та была в принципе согласна с ними, то план корректировался, после чего Генеральный штаб распорядительным порядком «увязывал» действия фронтов и готовил для каждого из них соответствующие директивы.

Целью большинства стратегических наступательных операций, проведенных в первом и втором периодах войны, обычно являлся разгром крупных стратегических группировок противника (от 30–40 до 60–80 дивизий), овладение важными в политическом, экономическом и стратегическом отношениях районами (Северным Кавказом, Донбассом, Крымом) или стратегическими рубежами (по рекам Десна, Днепр, Висла, государственной границе), освобождение административных территорий (Прибалтика, Белоруссия, Молдавия). В третьем периоде войны целями операций являлись освобождение оккупированных противником стран (Польша, Чехословакия, Югославия), последовательный вывод из войны на стороне Германии ее союзников (Румыния, Финляндия, Венгрия), завершение ее разгрома. Для достижения этих целей проводились несколько операций разного масштаба.