Однако лежавшие на пути следования железной дороги большие и малые реки и речушки, коих было несметное множество, представляли собой еще одну немалую трудность, поскольку через них необходимо было сооружать переправы. В той части степи, которая была подвержена затоплению весенними паводковыми водами, на участке протяженностью всего 70 км требовалось построить 82 моста. В целом от Челябинска до Иркутска было построено 635 однопролетных и 23 многопролетных мостов. Общая протяженность металлических мостов составляла свыше 10 км, и хотя однопролетные мосты изначально были деревянными, позднее их также заменили на металлические. Это было сделано при помощи оригинального, позволявшего избежать закрытия движения по железной дороге, метода, изобретенного инженером Николаем Белелюбским. Самый длинный мост, через Енисей у Красноярска, был 850 м длиной и получил золотую медаль на Всемирной выставке в Париже в 1900 году, а мост через Обь у Новониколаевска имел 650 м в длину[74].

Вдобавок ко всем трудностям, с которым приходилось сталкиваться строительным бригадам, все — от лошадей и телег до щебня и нужного сорта дерева — было в дефиците. Печальная ирония заключалась в том, что местный лесоматериал, которого в бескрайней тайге было в избытке, не подходил для строительных нужд, поскольку не обладал необходимой прочностью и долговечностью. Шпал из местного непросушенного лесоматериала едва хватало на год или два, в результате приходилось его везти из лесов, находившихся за 500 км от места стройки.

На Меженинова также оказывалось давление. Витте и сформированный им комитет были так впечатлены успехами Михайловского, что решили перенести дату завершения строительства линии в целом на 1899 год, пускай даже с необходимостью паромного сообщения на крупных реках и озере Байкал. Меженинов сначала надеялся продвинуться дальше на восток, закончив первый отрезок от Оби до Красноярска на Енисее, а затем начать работать над прокладкой оставшейся части маршрута до Иркутска. Однако настойчивые требования Витте ускорить строительство означали, что Среднесибирская дорога должна быть закончена через пять, а не через семь лет, и это вынудило Меженинова начать работы на втором участке раньше, чем планировалось. Более того, он предполагал начать работы сразу с двух концов, но запоздалое исследование Ангары, вытекающей из озера Байкал в районе Иркутска, по которой должна была осуществляться доставка рельсов и стройматериалов, выявило, что из-за отмелей и порогов река непроходима для барж. Трудности усугублялись банкротством литейной мастерской в Иркутске, которая, как надеялся Меженинов, должна была поставлять рельсы. В результате он решил начать работы силами только одной группы, двигаясь на восток от Красноярска.

В свете всех этих трудностей нет ничего удивительного в том, что именно на Среднесибирском участке строителям чаще всего приходилось идти в обход правил. Недостаточное снабжение, с одной стороны, и требование строить как можно быстрее — с другой, привели к тому, что все делалось кое-как. Меженинов, прокладывая дорогу, вынужден был руководствоваться соображениями экономии, намеренно уменьшая радиус поворотов и крутизну уклонов. Насыпи сооружались уже и ниже, чем того требовала технология; балластный слой был слишком тонким, а вес рельсов, составлявший менее 22 кг на метр, был примерно на треть меньше веса стандартных рельсов, использовавшихся при строительстве железных дорог в Европе и Америке. Все это означало проблемы в будущем, и в первые годы эксплуатация Транссиба сопровождалась почти непрерывной чередой ремонтных работ и требовала постоянного вложения средств в устранение недостатков, допущенных при строительстве линии.