Транссибирская магистраль находилась в плохом состоянии, учитывая ее чрезмерное использование и ненадлежащее обслуживание в условиях военного времени. Мосты, депо, водонапорные башни и другие железнодорожные объекты были повреждены в результате боевых действий или саботажа. Туннели также пострадали, а подвижной состав и локомотивы выходили из строя из-за отсутствия регулярного техобслуживания. Чтобы исправить ситуацию, в январе 1919 года союзниками был создан, согласно соответствующему соглашению, объединенный Межсоюзнический железнодорожный комитет, в задачу которого входили эксплуатация и обслуживание как Транссиба, так и КВЖД. Комитет, включавший представителей всех государств, чьи войска находились в Сибири, щедро финансировался союзниками. Четыре главные державы — США, Япония, Великобритания и Франция — перечислили по 5 миллионов долларов каждая и взяли на себя основные работы по устранению ущерба, нанесенного войной и природой. Технический совет, осуществлявший руководство всеми работами, находился в Харбине, его возглавил американский инженер Джон Ф. Стивенс; разделение ответственности за каждый из участков железной дороги было закреплено документально. Американцы отвечали за отрезок протяженностью около 800 км, а чехи — за весь Западный участок Транссиба, в то время как японцы сохранили контроль над 3700 км пути, а китайцы отвечали за КВЖД под косвенным надзором японской стороны.

Все это указывало на то, что союзники собирались задержаться тут надолго, хотя их активная деятельность породила ряд вопросов. Учитывая, что война на западе закончилась, а чехи, которых они должны были «защищать», рвались домой, особенно после подписания в июне 1919 года Версальского договора, даровавшего им государственность, непонятно, что все эти оккупационные войска до сих пор делали в Сибири? И почему железная дорога находилась в руках иностранцев? У каждого из союзников было свое объяснение происходящего. Японцы, отказывавшиеся признавать власть Советов в том, что касалось военных действий, продолжали предпринимать атаки на местные партизанские отряды, которые поддерживали большевиков, в то время как американцы с каким-то даже мрачным упорством сохраняли нейтралитет, утверждая, что охрана дороги является их единственной целью. Японцы также отказывались покинуть территорию, прилегающую к Китайско-Восточной железной дороге, хотя, согласно принятому соглашению, линия входила в зону ответственности китайцев.

Когда режим Колчака начал разваливаться, вопрос о присутствии иностранных войск в Сибири стал еще более щекотливым. Наибольший успех сопутствовал Колчаку весной 1919 года, когда три его армии продвинулись на 400 км. Белые заняли Пермь, но затем перед ними раскинулись безлюдные просторы, которые они не могли преодолеть, и наступление остановилось. В то же самое время маршруты снабжения оказались перерезаны, и материально-техническая база истощилась. Военные грузы, щедрым потоком прибывавшие во Владивосток, не доходили до Колчака, поскольку шедшие по Транссибу поезда были слишком легкой добычей. Партизаны и красные совершали нападения, где только можно. По словам Файджеса, «разрушение партизанами километров полотна и их постоянные нападения из засады практически прекратили поставку по Транссибу жизненно важных ресурсов армиям Колчака на протяжении большей части наступления»