Ядовитый смог, скрывший передвижения и чудовищные преступления будущего мужа Эллен, унес жизнь ее отца. На протяжении многих лет Кобден страдал от респираторных инфекций. Из-за этого ему часто приходилось выезжать за город или на побережье — в любое место, где воздух был чище, чем в пропитанном ядовитыми миазмами Лондоне. Последний раз он был в Лондоне в марте 1865 года. Эллен было шестнадцать лет. Она отправилась вместе с отцом. Они остановились в меблированных комнатах на Саффолк-стрит, поблизости от палаты общин. Едва вдохнув воздух, черный от дыма печных труб, Кобден слег с приступом астмы. Сильный восточный ветер задувал в щели окон, и укрыться от смога в комнате было невозможно.
Спустя неделю он лежал в постели и молился, чтобы ветер сменил направление. Его астма усиливалась, к тому же начался бронхит. Кобден чувствовал, что конец близок. Он составил завещание. Его жена и Эллен приняли его последний вздох 2 апреля 1865 года. Кобдену был шестьдесят один год. Эллен была «единственной, чья любовь к отцу была сродни страсти, редко встречающейся среди дочерей», — писал давний близкий друг Кобдена и его политический соратник Джон Брайт. Она была последней, кто видел лицо отца, прежде чем опустилась крышка гроба. Она никогда не забывала об отце и о том, чего он ожидал от нее.
Позже Брайт рассказывал официальному биографу Кобдена, Джону Морли о том, что жизнь Ричарда была «постоянным самопожертвованием… Я никогда не понимал, как сильно его люблю, пока не потерял его». В понедельник, на следующий день после смерти Кобдена Бенджамин Дизраэли сказал членам парламента в палате общин: «Единственное утешение в том… что такие великие люди не могут быть для нас полностью потерянными». Сегодня в деревенской церкви в Хейшотте есть мемориальная табличка, которая гласит: «На это место Ричард Кобден, который любил людей, приходил, чтобы поклониться Господу». Несмотря на самые лучшие намерения Кобдена, он оставил психически неуравновешенную жену заботиться о четырех дочерях. Какие бы обещания ни давали на похоронах его влиятельные друзья, «дочери Кобдена», как их окрестила пресса, остались предоставленными самим себе.
В 1989 году Джейни напомнила Эллен о том, как «все те, кто глубоко восхищался и любил нашего отца при жизни, немедленно забыли о существовании его маленьких дочерей, младшей из которых было всего три с половиной года. Помнишь, как Гладстон на похоронах говорил матери, что она и ее дети всегда могут положиться на его дружбу? После этого я увидела его и смогла с ним поговорить только через двадцать лет. Таков наш мир!»
Эллен старалась заботиться о семье в меру своих сил. Она же дала обещание отцу. Она управляла всеми финансами семьи, поскольку ее мать просто доживала последние годы своей несчастливой жизни. Если бы не трезвый ум и решительность Эллен, вряд ли семья смогла бы оплачивать счета, а маленькая Энни окончить школу. Дочери продали материнский дом и переехали в квартиру в доме 14 по Бейкер-стрит в Лондоне. Эллен ежегодно получала двести пятьдесят фунтов, по крайней мере так она говорила матери. По завещанию каждая из дочерей получала одинаковую сумму, обеспечивающую им комфортную жизнь, а также защищала от мужчин, чьи намерения могли оказаться не самыми честными.